Добавьте имя пользователя и пароль UMLS в Ctakes

Question

Я новый пользователь на cTAKES. Я следовал Руководству по установке и добавил права доступа UMLS. После того, как я отредактировал runctakesCPE.bat и runctakesCVD.bat, я получил следующее:

F: \ apache-ctakes-4.0.0> set CTAKES_HOME = F: \ apache-ctakes-4.0.0

F: \ apache-ctakes-4.0.0> если существует "F:\apache-ctakes-4.0.0\bin\runctakesCVD.bat" перейти к okHome

F: \ apache-ctakes-4.0.0> если существует, "C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_65\bin\java.exe" установить PATH=C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_65\bin;C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_65\bin;C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_65\ jre\bin;C:\ProgramData\Oracle\Java\javapath;C:\Program Files (x86)\Intel\iCLS Client\;C:\Program Fil es\Intel\iCLS Client\;C:\WINDOWS\system32;C:\WINDOWS;C:\WINDOWS\System32\Wbem;C:\WINDOWS\System32\Wi ndowsPowerShell\v1.0\;C:\Program Files\Intel\Intel(R) Компоненты механизма управления \DAL;C:\ Программные файлы (x86)\Intel\Intel(R) Компоненты механизма управления \DAL;C:\Program Files\Intel\ Компоненты модуля управления Intel (R) \IPT;C:\Program Files (x86)\Intel\ Компоненты модуля управления Intel (R) \IPT;c:\ Файлы программы (x86)\Hewlett-Packard\HP Performance Advisor;C:\Program Files\Microsoft\Web Platform Instler\;C:\Program Files (x86)\Microsoft ASP.NET\ASP.NET Web Pages\v1.0\;C:\Program Files (x86)\Windo ws Kits\8.0\Windows Performance Toolkit\;C:\Program Files\Microsoft SQL Server\110\ Инструменты \Binn\;C:\ Файлы программ \IDM Computer Solutions\UltraEdit;C:\Python27;C:\Program Files (x86)\MiKTeX 2.9\miktex\bi n\;C:\Program Files\MATLAB\R2015b\runtime\win64;C:\Program Files\MATLAB\R2015b\bin;C:\Program Files\ IBM\SPSS\Statistics\24\JRE\bin;C:\cygwin64\bin;C:\Program Files (x86)\Skype\ Телефон \;C:\Program Files (x86)\Google\Chrome\Application;C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_65\bin;C:\Program Files\Java\jdk1.8.0 _65\jre\bin;C:\ProgramData\Oracle\Java\javapath;C:\Program Files (x86)\Intel\iCLS Client\;C:\Program Files\Intel\iCLS Client\;C:\windows\system32;C:\windows;C:\windows\System32\Wbem;C:\windows\System3 2\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program Files\Intel\Intel(R) Компоненты ядра управления \DAL;C:\Program Fi les (x86)\Intel\ Компоненты подсистемы управления Intel (R) \DAL;C:\Program Files\Intel\ Компоненты подсистемы управления Intel (R) \IPT;C:\Program Files (x86)\Intel\Intel® Management Engine Компоненты \IPT;c:\Pro gram Files (x86)\Hewlett-Packard\HP Performance Advisor;C:\Program Files\Microsoft\ Установщик веб-платформы \; C: \ Program Files (x86) \ Microsoft ASP.NET \ Веб-страницы ASP.NET \ v1.0 \; C: \ Program Files (x86) \ W indows Kits \ 8.0 \ Windows Performance Toolkit \; C: \ Program Files \ Microsoft SQL Server \ 110 \ Tools \Binn\;C:\ Program Files \ IDM Computer Solutions \ UltraEdit; C: \ Python27; C: \ Users \ yi chen \ AppData \ Local \ Programs \ Git \ cmd; C: \ Users \ yi chen \ AppData \ Local \ Programs \ EmEditor

F: \ apache-ctakes-4.0.0> cd F: \ apache-ctakes-4.0.0

F: \ apache-ctakes-4.0.0> IF "" == "" GOTO NoParam

F: \ apache-ctakes-4.0.0> echo Используйте GUI для выбора AE для загрузки. Используйте GUI для выбора AE для загрузки.

F:\apache-ctakes-4.0.0>java -Dctakes.umlsuser= "F:\apache-ctakes-4.0.0\desc\;F:\apache-ctakes-4.0.0\ resources\;F:\apache-ctakes-4.0.0\lib*" -Dlog4j.configuration=file:\F:\apache-ctakes-4.0.0\config\l og4j.xml -Xms512M -Xmx3g org.apache.uima.tools.cvd.CVD 0-cp Система не может найти указанный файл.

F: \ apache-ctakes-4.0.0> GOTO ChangeBack

Может ли кто-нибудь помочь понять это? Мне действительно нужна твоя помощь. Спасибо!

Answer 1

Отвечая на этот вопрос ради людей, которые получат эту проблему в будущем.

@jhshi: изменения, внесенные вами в runCVD.bat, кажутся неверными.

Документация требует, чтобы вы добавляли имя пользователя и пароль своей учетной записи UMLS в каждый bat-файл (или sh-файл для самых дорогих пользователей Linux). Это означает, что каждый пользователь cTAKES должен создать здесь учетную запись UMLS.

Это делается с помощью аргументов строки java cmd "-Dctakes.umlsuser" & " -Dctakes.umlspw". Посмотрите на мою строку вызова Java из файла runCVD.bat ниже.

java -Dctakes.umlsuser="gprakhar" -Dctakes.umlspw="XXXXXXX" -cp "%CTAKES_HOME%\desc\;%CTAKES_HOME%\resources\;%CTAKES_HOME%\lib\*" -Dlog4j.configuration=file:\%CTAKES_HOME%\config\log4j.xml -Xms512M -Xmx2g org.apache.uima.tools.cvd.CVD

То, что вы сделали, - передали значение некоторой переменной типа PATH в строковый аргумент umlsuser cmd.