Описание тега bigstatsr
1
ответ
Конвертировать bigstatsr::FBM в матрицу?
Можно ли конвертировать bigstatsr::FBM возражать против регулярной матрицы R? Например, предположим, что я генерирую следующую матрицу: N <- 100 K <- 50 `%dopar%` <- foreach::`%dopar%` `%:%` <- foreach::`%:%` mat3 <- bigstatsr::FBM(N,…
31 янв '19 в 19:20
1
ответ
Как я могу разместить в Rcpp строки или столбцы bigstatsr::FBM и сохранить их в векторе?
У меня есть функция, которая вычисляет основную сводную статистику из строк (или столбцов) данной матрицы, и сейчас я пытаюсь также использовать эту функцию с bigstatsr::FBM (я знаю, что использование столбцов должно быть более эффективным). Причина…
30 авг '18 в 12:01
1
ответ
Хранить результаты вложенного цикла foreach в классе FBM
Я работаю с большой матрицей общей памяти 1.3e6x1.3e6 в цикле foreach. Я создаю эту матрицу с помощью функции FBM пакета bigstatsr. Мне нужны результаты цикла в объекте класса FBM, чтобы не исчерпать оперативную память. Это то, что я хочу сделать бе…
05 окт '18 в 14:13
0
ответов
Функция FBM для разреженной матрицы 1.3e6x200
Мне нужна разделенная памятью разреженная матрица 1.3e6x200. Я пробовал с пакетом bigmemory, но на моем компьютере не хватило памяти. Я нашел функцию FBM в пакете bigstatsr. Мой код работает довольно хорошо с этой функцией для небольшого примера, но…
02 окт '18 в 18:05
1
ответ
FBM() из bigstatsr неправильно вычисляет матрицу при использовании параллельного foreach, как это происходит, когда код выполняется в простом цикле for
Мне нужно оценить Матрицу перехода. Поскольку у меня много данных, я попытался запустить их параллельно, используя foreach и я попробовал функцию разделяемой памяти FBM() из bigstatsr, И кажется, что функция не всегда возвращает правильный результат…
07 фев '19 в 07:43
1
ответ
Проблема с выводом big_cprodMat: матрица слишком большая
Я пытаюсь получить перекрестное произведение двух "больших матриц" в R. К сожалению, данные не могут быть раскрыты здесь, но размеры 177304*23 и 23*177304, так что результаты должны иметь размеры 177304*177304. Поскольку объем моей оперативной памят…
24 июл '19 в 17:58
0
ответов
Как создать массив больших размеров, используя FBM в пакете bigstatsr?
Функция FBM в пакете bigstatsr позволяет нам создавать 2D матрицу с общей памятью. Например, FBM(5, 8) создаст матрицу 5 на 8, используя общую память. Однако есть ли способ создать трехмерную матрицу с общей памятью подобным образом? Псевдокод будет…
05 авг '19 в 23:16
0
ответов
Захват параллельных типов вывода R: альтернативы bigstatsr, которые поддерживают tibble, такие как матрица, и различные типы переменных?
Раньше я использовал bigstatsr для хранения вычисленных значений (double). Эти значения были вычислены параллельно с использованием doParallel пакет. Теперь я пытаюсь использовать bigstatsrдля хранения более сложных предметов. Обычно в виде списка. …
21 июн '20 в 11:37
0
ответов
Как выполнить Hmisc::rcorr() с данными большой памяти в R?
Мне нужно выполнить Hmisc::rcorr()с большой памятью (этот формат требуется для различных предшествующих функций и подмножеств). Объект можно читать и загружать ( fread()) в пределах данного ОЗУ, но rcorr() операция в конечном итоге не удается: > …
05 ноя '21 в 08:24
1
ответ
Как использовать пакет bigstatsr R с двумя наборами данных для оценки параметров?
У меня есть независимые и зависимые наборы данных. Я хочу проверить все возможные отношения между зависимыми и независимыми переменными. В моем предыдущем посте (Как реплицировать функцию с помощью mapply с несколькими аргументами для расчета мощнос…
23 ноя '21 в 14:29
0
ответов
подмножество из объекта bigstatsr::FBM для LDpred2 R-tutorial
Я использую LDpred2, включенный в bigsnpr, для расчета полигенных оценок с моим собственным набором генетических данных. Я следую шагам, описанным в онлайн-руководстве по LDpred2 на Github (https://privefl.github.io/bigsnpr/articles/LDpred2.html), ч…
06 дек '21 в 18:03
1
ответ
Как заполнить bigstatsr::FBM базой данных sqlite для последующего использования?
Я новичок в пакете bigstatsr. У меня есть база данных sqlite, которую я хочу преобразовать в матрицу FBM из 40 тыс. строк (генов) и 60 тыс. столбцов (образцов) для последующего использования. Я нашел примеры того, как заполнить матрицу случайными зн…
03 мар '21 в 21:44