подмножество из объекта bigstatsr::FBM для LDpred2 R-tutorial
Я использую LDpred2, включенный в bigsnpr, для расчета полигенных оценок с моим собственным набором генетических данных. Я следую шагам, описанным в онлайн-руководстве по LDpred2 на Github (https://privefl.github.io/bigsnpr/articles/LDpred2.html), чтобы использовать автоматическую модель.
snp_ldpred2_auto. Я не могу выполнить строку:
pred_auto <- big_prodMat(G, beta_auto, ind.row = ind.test, ind.col = df_beta[["_NUM_ID_"]])
Я подозреваю, что это происходит из-за того, что матрицы не подходят для умножения друг с другом, поскольку количество столбцов в (матрице FBM) не совпадает с количеством строк в (общей матрице). Я намерен отфильтровать варианты (SNP) из таких, чтобы количество вариантов в
G равно количеству вариантов в
beta_auto . Я никогда раньше не работал с матрицами класса FBM.code256 и не знаю, как добиться этого подмножества. Руководство очень ценится.