Разработка матрицы с использованием функции model.matrix для экспрессии генов

Question

Нужна помощь. Мои данные выглядят так:

Identifier    Sample1    Sample2   Sample3 ...Sample10
Gene1          10.85       9.33      11.04 ... 10.093
Gene2          5.94        7.95      6.46  ... 6.33
...
Gene99         3.93        4.12      7.86  ... 9.45

Образцы от 1 до 4 нормальные, от 5 до 10 ненормальные.

Данные хранятся во фрейме данных, который называется DF. Необходимо создать матрицу проектирования с использованием функции model.matrix. Идея состоит в том, чтобы использовать эту информацию для подбора линейной модели, чтобы иметь возможность идентифицировать дифференциальные гены.

Я понятия не имею, как создать матрицу дизайна. Я прочитал документацию, но это ни к чему меня не приведет. Синтаксис функции не соответствует формату, который у меня есть.

Любые советы приветствуются.

Answer 1

Вам нужно что-то вроде

disease <- factor(rep(c(1,2),c(4,6)))
levels(disease) <- c("normal","abnormal")
design <- model.matrix(~disease)

Вы пытались прочитать Руководство пользователя Limma? Есть куча примеров: