Выберите связанный объект из маски в ImageJ

Question

Я хотел бы использовать Фиджи (ImageJ) для некоторой простой операции предварительной обработки и для создания двоичной маски. Я просто использую графический интерфейс, и я не заинтересован в автоматической процедуре. Я получил следующую маску: (это просто срез, фактическая маска 3 D, 298 МБ)

Мне нужно извлечь трехмерный связанный объект, чтобы результат был:

В идеале я хотел бы щелкнуть внутри точки внутри объекта с помощью 3D-эквивалента инструмента Wand, выбрать объект, инвертировать выделение, умножить на 0. Для начала я попытался использовать команду Analyze - Счетчик 3D-объектов, но Я думаю, изображение слишком большое и сложное (операция останавливается на шаге 2. Соединение объектов). Могу ли я следовать какой-либо процедуре?

Answer 1

На Фиджи вы можете сделать следующее:

1. Инвертировать изображение с Edit > Invert,
2. Выберите инструмент выбора точки на панели инструментов Фиджи.
3. Щелкните в области, из которой вы хотите извлечь связанные белые пиксели, чтобы разместить там выделение точек.
4. Бежать Plugins > Process > Find Connected Regions,
5. Выбрать Start from point selection? и изменить Stop after this number of regions are found в 1,
6. Нажмите OK,

Есть некоторая документация для этого плагина (которую я написал давно). Он использует очень наивный алгоритм для поиска связанных областей, но он достаточно хорош для многих целей.