Показывать основные компоненты не по умолчанию, используя autoplot (ggfortify)

Я хотел бы построить PC2 против PC3, используя функцию autoplot() пакета ggfortify, По умолчанию отображаются только ПК1 и ПК2:

library(ggfortify)
myPCA <- prcomp(iris[-5])
autoplot(myPCA)

Я могу получить то, что хочу, переупорядочив и переименовав столбцы в объекте prcomp:

myPCAtrunc <- myPCA
myPCAtrunc[[1]] <- myPCAtrunc[[1]][c(2,3,1,4)]
myPCAtrunc[[2]] <- myPCAtrunc[[2]][,c(2,3,1,4)]
colnames(myPCAtrunc[[2]]) <- c("PC1","PC2","PC3","PC4") # fake names
myPCAtrunc[[5]] <- myPCAtrunc[[5]][,c(2,3,1,4)]
colnames(myPCAtrunc[[5]]) <- c("PC1","PC2","PC3","PC4") # fake names
autoplot(myPCAtrunc, xlab = "PC2", ylab="PC3")

Я знаю, что это правильно, потому что это так же, как plot(myPCA$x[, c(2,3)]),

Но должен быть более ясный способ ее решить. Некоторые идеи?

Источник

3 ответа

Решение

При взгляде на вызываемый метод выглядит так, будто он предназначен только для построения графиков ПК1 и ПК2:

getS3method("autoplot", class(myPCA) )
> ...
> if (is_derived_from(object, "prcomp")) {
>        x.column <- "PC1"
>        y.column <- "PC2"
>       loadings.column <- "rotation"
>    }
> ...

в случае, если это вариант для вас, я предлагаю вам использовать ggbiplot упаковать и установить choices аргумент:

library(ggbiplot)
ggbiplot(myPCA, choices = 2:3 , var.axes =FALSE)

Источник

Эта проблема была недавно решена ( здесь).

autoplot(myPCA,    # your prcomp object
         x = 2,    # PC2
         y = 3)    # PC3
Источник

Что вы можете сделать, это только изменить свой объект prcomp. А затем изменив метку y следующим образом:

pca_test=pca
pca_test$x=pca_test$x[,c(1,3)]
colnames(pca_test$x)=c("PC1","PC2")
pca_test$rotation=pca_test$rotation[,c(1,3)]
colnames(pca_test$rotation)=c("PC1","PC2")

autoplot(pca_test,data=df,colour='study',shape='species')+scale_color_manual(values=c("Red","Blue","Green","Purple","Brown","Orange","Black"))+scale_fill_manual(values=c("Red","Blue","Green","Purple","Brown","Orange","Black"))+theme_bw()+ylab("PC3")

Надеется, это поможет!

JC

Источник
Другие вопросы по тегам