R BiocCheck: Может быть, они являются частью набора данных, загруженного с данными ()?

Question

Я получил следующее сообщение от BiocCheck (для биокондуктора):

Checking to see if we understand object initialization....
* CONSIDER: Clarifying how objects ‘predict, qnorm, predict, lm,
  coef, nls, coef, head, tail’ (used in .fitCurve, .getLODR,
  .lm2str, .m2str, .plotSigmoid, estimateLOQ , estimateLOQ,
  plotROC, plotScatter) were initialized. Maybe they are part of a
  data set loaded with data(), or perhaps part of an object
  referenced in with() or within().

Две из функций, упомянутых выше:

.m2str <- function(m)
{
    eq <- substitute(italic(y) == a + b * italic(x)*','~~italic(r)^2~'='~r2, 
                 list(a  = format(coef(m)[1], digits = 2), 
                      b  = format(coef(m)[2], digits = 2), 
                      r2 = format(summary(m)$r.squared, digits = 3)))
    as.character(as.expression(eq));
}

.lm2str <- function(data)
{
    return (.m2str(lm(y~x, data)))
}

Q: что означает сообщение?

Answer 1

Вы написали эти функции как часть пакета R? Когда вы вызываете функцию, как lm или же head, вы должны указать, из каких пакетов R происходят эти функции (например, write stats::lm или же utils::head). Как правило, это должно быть сделано для любой функции не из "базы".