"Объект 'направление' не найден" с дендрограммой в пакете ggraph
Я пытаюсь построить дендрограмму с ggraph
пакет, но все в порядке с geom_edge_diagonal()
но не с geom_edge_elbow()
пакеты
library(phyloseq)
library(igraph)
library(ggraph)
Получение данных
Файл ps.rds доступен здесь
https://github.com/spholmes/F1000_workflow/tree/master/data
ps <- readRDS("ps.rds")
EdgeList <- phy_tree(ps)$edge
Tree <- graph_from_edgelist(EdgeList, directed = TRUE)
Заговор
ggraph(Tree, 'dendrogram') +
geom_edge_diagonal()
Этот код работает, но сюжет не очень красивый.
И сейчас:
ggraph(Tree, 'dendrogram', circular = TRUE) +
geom_edge_elbow()
Error in FUN(X[[i]], ...) : object 'direction' not found
Итак, у меня есть несколько вопросов:
- Почему это не работает там, где это работает для другой дендрограммы?
- Какое направление? В документации пакета сказано, что направление "автоматически устанавливается" https://www.rdocumentation.org/packages/ggraph/versions/0.1.1/topics/geom_edge_elbow
- Можно ли найти что-то полезное для черчения в объекте ps?
РЕДАКТИРОВАТЬ после F. Privé комментарий
Да, можно смешивать dendrogram
а также circular
,
ggraph(Tree, 'dendrogram', circular = TRUE) +
geom_edge_diagonal()
1 ответ
По некоторым причинам, которые слишком сложны для обсуждения здесь, geom_edge_elbow
в настоящее время поддерживаются только объекты dedrogram/hclust, но не объекты igraph.
Я, наверное, нашел способ обойти это для следующего выпуска