"Объект 'направление' не найден" с дендрограммой в пакете ggraph

Я пытаюсь построить дендрограмму с ggraph пакет, но все в порядке с geom_edge_diagonal() но не с geom_edge_elbow()

пакеты

library(phyloseq)
library(igraph)
library(ggraph)

Получение данных

Файл ps.rds доступен здесь

https://github.com/spholmes/F1000_workflow/tree/master/data

ps <- readRDS("ps.rds")

EdgeList <- phy_tree(ps)$edge
Tree <- graph_from_edgelist(EdgeList, directed = TRUE)

Заговор

ggraph(Tree, 'dendrogram') +
  geom_edge_diagonal()

Этот код работает, но сюжет не очень красивый.

И сейчас:

ggraph(Tree, 'dendrogram', circular = TRUE) +
  geom_edge_elbow()

Error in FUN(X[[i]], ...) : object 'direction' not found

Итак, у меня есть несколько вопросов:

  1. Почему это не работает там, где это работает для другой дендрограммы?
  2. Какое направление? В документации пакета сказано, что направление "автоматически устанавливается" https://www.rdocumentation.org/packages/ggraph/versions/0.1.1/topics/geom_edge_elbow
  3. Можно ли найти что-то полезное для черчения в объекте ps?

РЕДАКТИРОВАТЬ после F. Privé комментарий

Да, можно смешивать dendrogram а также circular,

ggraph(Tree, 'dendrogram', circular = TRUE) +
  geom_edge_diagonal()

1 ответ

По некоторым причинам, которые слишком сложны для обсуждения здесь, geom_edge_elbow в настоящее время поддерживаются только объекты dedrogram/hclust, но не объекты igraph.

Я, наверное, нашел способ обойти это для следующего выпуска

Другие вопросы по тегам