Неверный объект класса «График»: суперкласс «mMatrix» не определен (Seurat/R)

Question

Я использую Seurat для анализа RNAseq и использую тот же код уже больше месяца (без проблем). FindNeighbors теперь выдает ошибку (неожиданно), и я не могу ее исправить. Данные и код такие же, как и раньше.

      all.integrated <- all.integrated %>%
  FindNeighbors(reduction = "harmony", dims = 1:30) %>%
  FindClusters(reduction = "harmony", resolution = 0.1) %>%
  RunUMAP(reduction = "harmony", dims=1:30)


> Computing nearest neighbor graph
> Computing SNN
> Error in validObject(.Object) : 
invalid class “Graph” object: superclass "mMatrix" not defined in 
the environment of the object's class

Я проверил класс, и это SeuratObject. Единственное, что вчера помогло, это удаление и переустановка R and R studio (перезапуск R не помог), но теперь выдает ту же ошибку. Что делать?

Большое спасибо!!