В Nextflow параллелизирован ли процесс с channel.fromPath?

Question

У меня есть процесс в Nextflow с несколькими входными файлами из Channel.FromPath().

Вот мой сценарий:

params.queries = ""
queries = Channel.fromPath(params.queries) #path to multiple .fasta files

process PsiBlast {

input:
file query from queries_psiblast

output:
file top_hits

"""
blastpgp -d $db -i $query -j 2 -C ff.chd.ckp -Q pssm.out >> top_hits
"""
}

#then there are others processes, not needed for my question. 

Что я хочу знать, так это если мой процесс распараллелен? Например, если он запускается на 2 файлах одновременно? Или мне нужно указать это в моем сценарии?

Я прочитал документ, но это не уточнять. И я не знаю, как это проверить.

Answer 1

Да, процессы Nextflow неявно распараллеливаются при условии, что cpus/mem достаточно для выполнения параллельного выполнения.