Сопоставление словаря ETL LOINC с общей моделью данных OMOP

Question

Я работаю над сопоставлением значений лабораторных испытаний (таблица ИЗМЕРЕНИЙ OMOP CDM). В моей локальной картографической таблице (сделанной вручную) указано мое имя измерения (на французском языке) и соответствующий код LOINC.

Словарь LOINC был загружен из Athena (инструмент сообщества OHDSI) https://athena.ohdsi.org/search-terms/

Я загружаю свои локальные концепты в таблицу CONCEPT, затем использую SQL-запрос, чтобы связать эквивалентный LOINC concept_id (из сопоставления concept_code/исходных кодов LOINC). Я понимаю, что ссылка сделана не на LOINC concept_code.

Действительно, когда я фильтрую таблицу CONCEPT по LOINC concept_code (например, 34714-6), я не нахожу результата.

      select * 
from omop.concept 
where concept_code in ('34714-6');

Когда я фильтрую по соответствующему concept_id (3032080), я нахожу результат с желаемым concept_code.

      select * 
from omop.concept 
where concept_id in ('3032080');

я тестировалconcept_code like '34714__'который возвращает ожидаемую строку. Это не связано с кодировкой, потому что, когда я копирую/вставляю полученный concept_code (фильтрация по concept_id = '3032080') в мой запрос concept_code в ('34714-6'), я получаю ту же проблему.

Однако другие коды LOINC работают:

      select * 
from omop.concept 
where concept_code in ('14646-4');

Когда я проверяю, какой именно символ используется:

      select ASCII(substr(concept_code,1,1))
    ,ASCII(substr(concept_code,2,1))
    ,ASCII(substr(concept_code,3,1))
    ,ASCII(substr(concept_code,4,1))
    ,ASCII(substr(concept_code,5,1))
    ,ASCII(substr(concept_code,6,1))
    ,ASCII(substr(concept_code,7,1))
from omop.concept
where concept_id = 3032080 ;

Я также проверил/убрал пробелы.

Тот же процесс работает с наркотиками (concept_code от ATC).

Можете ли вы сказать мне, откуда эта ошибка?

Спасибо за помощь.

Answer 1

убедитесь, что вы используете последние версии sql-client и драйвера JDBC.