атрибуты в функции autoplot() ничего не делают, R

Question

У меня есть набор данных со временем, статусом (1=смерть, 0=цензура), обработка =1,2.
Я создаю свой объект выживания km_2, я хочу построить график Каплана-Мейера, используя autoplot(). Я не знаю, в чем моя ошибка, но установка атрибутов (например, legendLabs) не вносит никаких изменений в основной график КМ.

      km_2 <- survfit(Surv(time, status)~treatment, data=prostate)
library(ggplot2)
library(ggfortify)
autoplot(km_2, 
         alpha=0.7, #transparency of CIs
         shape= 10, #shape used to incdicaed censored obs
         xlab= 'month', ylab='% survived',
         title = 'KM- plot to compare tr1, tr 2',
         legendLabs= c('tr1','tr2'),
         pval=T,
         plotTable= T
         
         )

Answer 1

Здесь следует отметить несколько вещей. Во-первых, autoplotявляется общей функцией, поэтому используемый метод и аргументы, которые он принимает, зависят от типа объекта, который вы ему передаете. В этом случае вы передаете объект и сможете увидеть правильные параметры для использования, если наберете ?autoplot.survfitв консоль.

Отсюда вы увидите, что нет legendLabsили же plotTableвариант, и что альфа для доверительных интервалов контролируется с помощью conf.int.alpha = . Точно так же форма цензурирования управляется с помощью censor.shape.

Другая проблема заключается в том, что, по-видимому, нет способа изменить метки факторов в легенде, но в этом случае достаточно просто изменить их в данных при создании таблицы. survfitобъект.

Наконец, хорошей идеей будет создать воспроизводимый пример, если вам нужны быстрые и полезные ответы. Потребовалось некоторое время, чтобы воссоздать разумную структуру данных для проверки и демонстрации этого ответа.

      library(survival)
library(ggplot2)
library(ggfortify)

km_2 <- survfit(Surv(time, status) ~ treatment, 
                data = within(prostate, treatment <- c("tr1", "tr2")[treatment]))

autoplot(km_2, 
         conf.int.alpha = 0.7,
         censor.shape = 10,
         xlab = 'month', 
         ylab = '% survived',
         title = 'KM- plot to compare tr1, tr2'
  )

Кроме того, вы можете получить результат ближе к вашим ожиданиям, используя survminer:

      library(survminer)
ggsurvplot(km_2, conf.int = TRUE, risk.table = TRUE)

---

Воспроизводимые данные

      set.seed(1)

prostate <- data.frame(time = pmin(runif(100) * rep(c(7, 10), each = 50), 5),
                       treatment = rep(1:2, each = 50),
                       status = c(rbinom(50, 1, 0.3), rbinom(50, 1, 0.5)))

prostate$status[prostate$time > 5] <- 0