Группировка строк в GTSummary

Question

Группировка строк в GTSummary

Я пытаюсь сгруппировать некоторые строки/переменные (как категориальные, так и непрерывные), чтобы улучшить читаемость таблицы в большом наборе данных.

Вот фиктивный набор данных:

      library(gtsummary)
library(tidyverse)
library(gt)
set.seed(11012021)

# Create Dataset
PIR <- 
  tibble(
    siteidn = sample(c("1324", "1329", "1333", "1334"), 5000, replace = TRUE, prob = c(0.2, 0.45, 0.15, 0.2)) %>% factor(),
    countryname = sample(c("NZ", "Australia"), 5000, replace = TRUE, prob = c(0.3, 0.7)) %>% factor(),
    hospt = sample(c("Metropolitan", "Rural"), 5000, replace = TRUE, prob = c(0.65, 0.35)) %>% factor(),
    age = rnorm(5000, mean = 60, sd = 20),
    apache2 = rnorm(5000, mean = 18.5, sd=10),
    apache3 = rnorm(5000, mean = 55, sd=20),
    mechvent = sample(c("Yes", "No"), 5000, replace = TRUE, prob = c(0.4, 0.6)) %>% factor(),
    sex = sample(c("Female", "Male"), 5000, replace = TRUE) %>% factor(),
    patient = TRUE
  ) %>%
  mutate(patient_id = row_number())%>% 
  group_by(
    siteidn) %>% mutate(
      count_site = row_number() == 1L) %>%
  ungroup()%>% 
  group_by(
    patient_id) %>% mutate(
      count_pt = row_number() == 1L) %>%
  ungroup()

Затем я использую следующий код для создания своей таблицы:

      t1 <- PIR %>% 
  select(patientn = count_pt, siten = count_site, age, sex, apache2, apache3,  apache2, mechvent, countryname) %>% 
  tbl_summary(
    by = countryname,
    missing = "no", 
    statistic = list(
      patientn ~ "{n}",
      siten ~ "{n}",
      age ~ "{mean} ({sd})",
      apache2 ~ "{mean} ({sd})",
      mechvent ~ "{n} ({p}%)",
      sex ~ "{n} ({p}%)",
      apache3 ~ "{mean} ({sd})"),
    label = list(
      siten = "Number of ICUs",
      patientn = "Number of Patients",
      age = "Age",
      apache2 = "APACHE II Score",
      mechvent = "Mechanical Ventilation",
      sex = "Sex",
      apache3 = "APACHE III Score")) %>% 
  modify_header(stat_by = "**{level}**") %>%
  add_overall(col_label = "**Overall**")
  
t2 <- PIR %>% 
  select(patientn = count_pt, siten = count_site, age, sex, apache2, apache3,  apache2, mechvent, hospt) %>% 
  tbl_summary(
    by = hospt,
    missing = "no", 
     statistic = list(
      patientn ~ "{n}",
      siten ~ "{n}",
      age ~ "{mean} ({sd})",
      apache2 ~ "{mean} ({sd})",
      mechvent ~ "{n} ({p}%)",
      sex ~ "{n} ({p}%)",
      apache3 ~ "{mean} ({sd})"),
    label = list(
      siten = "Number of ICUs",
      patientn = "Number of Patients",
      age = "Age",
      apache2 = "APACHE II Score",
      mechvent = "Mechanical Ventilation",
      sex = "Sex",
      apache3 = "APACHE III Score")) %>%  
  modify_header(stat_by = "**{level}**")

tbl <-
  tbl_merge(
    tbls = list(t1, t2),
    tab_spanner = c("**Country**", "**Hospital Type**")
  ) %>%
  modify_spanning_header(stat_0_1 ~ NA) %>%
  modify_footnote(everything() ~ NA)

Получается следующая таблица:

Я хотел бы сгруппировать определенные строки вместе для удобства чтения. В идеале я бы хотел, чтобы таблица выглядела так:

Я попытался использовать пакет gt со следующим кодом:

      tbl <-
  tbl_merge(
    tbls = list(t1, t2),
    tab_spanner = c("**Country**", "**Hospital Type**")
  ) %>%
  modify_spanning_header(stat_0_1 ~ NA) %>%
  modify_footnote(everything() ~ NA) %>% 
as_gt() %>%  
  gt::tab_row_group(
    group = "Severity of Illness Scores",
    rows = 7:8) %>%  
  gt::tab_row_group(
    group = "Patient Demographics",
    rows = 3:6) %>%  
  gt::tab_row_group(
    group = "Numbers",
    rows = 1:2)

Получается нужная таблица:

У меня есть пара проблем, связанных с тем, как я это делаю.

Когда я пытаюсь использовать имена строк (переменные), появляется сообщение об ошибке (Невозможно создать подмножество столбцов, которые не существуют...). Есть ли способ сделать это, используя имена переменных? С большими таблицами у меня возникают проблемы с использованием метода номеров строк для присвоения имен строк. Это особенно верно, когда есть одна переменная, которая теряет свое место при перемещении в конец для учета сгруппированных строк.
Есть ли способ сделать это до передачи в tbl_summary? Хотя мне нравится вывод этой таблицы, я использую Word в качестве выходного документа для статистических отчетов и хотел бы иметь возможность форматировать таблицы в Word, если это необходимо (или моими сотрудниками). Я обычно использую gtsummary::as_flextable для вывода таблицы.

Спасибо еще раз,

Бен

7

r summary gtsummary gt tbl

Источник

user14963226 11 янв '21 в 10:50

2 ответа

Другие вопросы по тегам r summary gtsummary gt tbl

user8711276 11 янв '21 в 14:33 2021-01-11 14:33 · Answer 1 · 2021-01-11 14:33

Когда я пытаюсь использовать имена строк (переменные), появляется сообщение об ошибке (Невозможно создать подмножество столбцов, которые не существуют...). Есть ли способ сделать это, используя имена переменных? С большими таблицами у меня возникают проблемы с использованием метода номеров строк для присвоения имен строк. Это особенно верно, когда есть одна переменная, которая теряет свое место при перемещении в конец для учета сгруппированных строк.

Есть два способа сделать это: 1. построить отдельные таблицы для каждой группы, затем сложить их друг с другом и 2. добавить столбец группировки в затем сгруппируйте табличку по новой переменной.

      library(gtsummary)
library(dplyr)
packageVersion("gtsummary")
#> '1.3.6'

# Method 1 - Stack separate tables
t1 <- trial %>% select(age) %>% tbl_summary()
t2 <- trial %>% select(grade) %>% tbl_summary()

tbl1 <-
  tbl_stack(
    list(t1, t2), 
    group_header = c("Demographics", "Tumor Characteristics")
  ) %>%
  modify_footnote(all_stat_cols() ~ NA)

# Method 2 - build a grouping variable
tbl2 <-
  trial %>%
  select(age, grade) %>%
  tbl_summary() %>%
  modify_table_body(
    mutate,
    group_variable = case_when(variable == "age" ~ "Deomgraphics",
                               variable == "grade" ~ "Tumor Characteristics")
  ) %>%
  modify_table_body(group_by, group_variable)

2. Есть ли способ сделать это перед передачей в tbl_summary? Хотя мне нравится вывод этой таблицы, я использую Word в качестве выходного документа для статистических отчетов и хотел бы иметь возможность форматировать таблицы в Word, если это необходимо (или моими сотрудниками). Я обычно использую gtsummary::as_flextable для вывода таблицы.

Приведенные выше примеры изменяют таблицу перед экспортом в формат gt, поэтому вы можете экспортировать эти примеры в flextable. Однако flextable не имеет такой же встроенной функциональности строки заголовков (или, по крайней мере, я не знаю об этом и не использую ее в ), и результат будет выглядеть, как в таблице ниже. Я рекомендую установить версию gt для разработчиков с GitHub и экспортировать в RTF (поддерживается Word) — за последние месяцы они сделали много обновлений для вывода RTF, и это может сработать для вас.

Guilherme 22 июн '22 в 13:40 2022-06-22 13:40 · Answer 2 · 2022-06-22 13:40

Я думаю, что у меня может быть решение для этого (очевидно, спасибо и команде, предоставившей нам эту функцию)

Все, что вам нужно сделать, это отредактировать базовый фрейм данных, чтобы добавить переменную с желаемой строкой группировки, используяmodify_table_body, а затем поместите его в желаемое положение, например:

      library(gtsummary)
library(dplyr)
packageVersion("gtsummary")

trial%>%
 select(age, stage, grade)%>%
 tbl_summary()%>%
 modify_table_body(
  ~.x %>% 
  
  # add your variable
  rbind(
    tibble(
      variable="Demographics",
      var_type=NA,
      var_label = "Demographics",
      row_type="label",
      label="Demographics",
      stat_0= NA))%>% # expand the components of the tibble as needed if you have more columns
  
  # can add another one
    rbind(
      tibble(
        variable="Tumor characteristics",
        var_type=NA,
        var_label = "Tumor characteristics",
        row_type="label",
        label="Tumor characteristics",
        stat_0= NA))%>%  
    
  # specify the position you want these in
    
  arrange(factor(variable, levels=c("Demographics",
                                    "age",
                                    "Tumor characteristics",
                                    "stage",
                                    "grade"))))%>%

# and you can then indent the actual variables
modify_column_indent(columns=label, rows=variable%in%c("age",
                                                      "stage",
                                                      "grade"))%>%

# and double indent their levels
modify_column_indent(columns=label, rows= (variable%in%c("stage",
                                                      "grade") 
                                             & row_type=="level"),
                     double_indent=T)