R gtsummary Row с итоговыми значениями категориальных переменных

Question

У меня есть набор данных примерно 700000 пациентов, у которых есть идентификаторы больниц (факторная переменная). Я хотел бы создать строку, в которой видно количество больниц (это отдельно от количества пациентов). У меня есть 3 категориальные переменные в качестве столбцов в дополнение к общему столбцу.

На данный момент для каждого идентификатора больницы есть отдельная строка с количеством пациентов на каждом сайте для каждой категории.

Мой код выглядит следующим образом:

      t1 <- PIR %>% 
  select(siteidn, countryname) %>% 
    tbl_summary(by = countryname ,missing = "no",
                label = list(
                 siteidn = "Number of ICUs"),
            statistic = list(
              all_continuous() ~ "{mean} ({sd})",
              all_categorical() ~ "{n} ({p}%)")) %>%
  bold_labels() %>% 
  italicize_levels() %>% 
  add_overall()

t2 <- PIR %>% 
  select(siteidn, hospt) %>% 
    tbl_summary(by = hospt ,missing = "no",
                label = list(
                 siteidn = "Number of ICUs"),
            statistic = list(
              all_continuous() ~ "{mean} ({sd})",
              all_categorical() ~ "{n} ({p}%)")) %>% 
      bold_labels() %>% 
      italicize_levels()

t3 <- PIR %>% 
  select(siteidn, iculevelname) %>% 
    tbl_summary(by = iculevelname ,missing = "no",
                label = list(
                 siteidn = "Number of ICUs"),
            statistic = list(
              all_continuous() ~ "{mean} ({sd})",
              all_categorical() ~ "{n} ({p}%)")) %>% 
      bold_labels() %>% 
      italicize_levels()

tbl_merge(
  tbls = list(t1, t2, t3),
  tab_spanner = c("**Country**", "**Hospital Type**", "**ICU Level**"))

Получается следующая таблица:

Таблица 1

Как видно, для каждого идентификатора больницы есть отдельная строка. Я хотел бы иметь одну строку, в которой есть общее количество больниц на каждом уровне (т.е. общее количество больниц в Австралии, Новой Зеландии, Метрополитен и т. д.).

Мои вопросы:

1. Есть ли способ получить общую строку для факторной переменной, которая не является номером пациента?
2. Можно ли вставить общий столбец после объединения таблиц (чтобы общий столбец не попадал под заголовок «Страна»)?
3. Есть ли способ создать строку для количества пациентов и не указывать эти данные в заголовках?

Спасибо всем за ваше время.

Бен

ДОБАВИТЬ: Вот изображение того, как я хотел бы, чтобы таблица выглядела. Прошу прощения за грубость. Я хотел бы иметь только одну строку для факторной переменной общего количества отделений интенсивной терапии, а не иметь строку каждого отделения интенсивной терапии с количеством пациентов в ней (красные чернила).

Кроме того, есть ли способ сгруппировать 2 строки под общим заголовком, аналогичным факторным переменным (зеленые чернила).

Я понимаю, что мои навыки R находятся в зачаточном состоянии. Всем спасибо за терпение!

Бен

Answer 1

Я согласен с Беном, всегда полезно включать набор данных, который мы можем запустить на нашей машине, и пример того, как вы хотите, чтобы результат выглядел. Ниже приведен пример кода, который отвечает на большинство ваших вопросов.

1. Есть ли способ получить общую строку для факторной переменной, которая не является номером пациента?

Я не уверен, что вы ищете здесь. Пожалуйста, подробнее.

2. Можно ли вставить общий столбец после объединения таблиц (чтобы общий столбец не попадал под заголовок «Страна»)?

Да, вы можете использовать Функция для удаления заголовка над столбцом «Общие».

3. Есть ли способ создать строку для количества пациентов и не указывать эти данные в заголовках?

Да, если вы создадите новый столбец в своем наборе данных, который будет ИСТИННЫМ для всех наблюдений, мы можем обобщить этот столбец и сообщить N.

Кроме того, если вы делаете перекрестные таблицы только для одной переменной, вам следует изучить функция. Он добавляет общее количество строк автоматически.

      library(gtsummary)
library(tidyverse)
set.seed(20210108)

# create dummy dataset
PIR <- 
  tibble(
    siteidn = sample(c("1325", "1324", "1329"), 100, replace = TRUE) %>% factor(),
    countryname = sample(c("NZ", "Australia"), 100, replace = TRUE) %>% factor(),
    hospt = sample(c("Metro", "Rural"), 100, replace = TRUE) %>% factor(),
    patient = TRUE
  ) %>%
  group_by(siteidn) %>%
  mutate(
    count_site = row_number() == 1L # one TRUE per site
  ) %>%
  ungroup() %>%
  labelled::set_variable_labels(siteidn = "Number of ICUs", # Assigning labels 
                                patient = "N")

t1 <- PIR %>% 
  select(patient, siteidn, countryname) %>% 
  tbl_summary(
    by = countryname,
    missing = "no", 
    statistic = patient ~ "{n}" # only print N for the top row
  ) %>% 
  modify_header(stat_by = "**{level}**") %>% # Remove the Ns from the header row
  add_overall(col_label = "**Overall**")
t2 <- PIR %>% 
  select(patient, siteidn, hospt) %>% 
  tbl_summary(
    by = hospt,
    missing = "no", 
    statistic = patient ~ "{n}" # only print N for the top row
  ) %>%
  modify_header(stat_by = "**{level}**") # Remove the Ns from the header row

tbl <-
  tbl_merge(
    tbls = list(t1, t2),
    tab_spanner = c("**Country**", "**Hospital Type**")
  ) %>%
  bold_labels() %>% 
  italicize_levels() %>%
  # remove spanning header for overall column, use `show_header_names(tbl)` to print column names
  modify_spanning_header(stat_0_1 ~ NA) %>%
  modify_footnote(everything() ~ NA) # remove footnote, as it's not informative in this setting

РЕДАКТИРОВАТЬ: после уточнения исходного постера добавлен еще один пример того, как можно представить Ns.

В приведенной ниже таблице показаны два способа отображения Ns для пациентов и количества центров. Первая находится в двух строках с двумя переменными, а последняя строка представляет собой способ представления информации в одной строке.

      t1 <- PIR %>% 
  select(patient, site_only = count_site, combination = count_site, countryname) %>% 
  tbl_summary(
    by = countryname,
    missing = "no", 
    statistic = list(c(patient, site_only) ~ "{n}", 
                     combination ~ "Site N {n}; Total N {N}")
  )