Как выбрать кластер по умолчанию в модели Кокса в R?
Я работаю над моделью Кокса, и у меня есть переменная, которая разрезается на кластеры.
Вот несколько рабочих примеров:
lung2=lung
lung2$age.cl = cut(lung2$age, c(40,50,60,70,80,90))
cox = coxph(Surv(time, status) ~ age.cl, data = lung2)
Возвращает эту таблицу:
coef exp(coef) se(coef) z p
age.cl(50,60] 0.184 1.202 0.297 0.62 0.536
age.cl(60,70] 0.237 1.267 0.288 0.82 0.411
age.cl(70,80] 0.532 1.703 0.309 1.73 0.085
age.cl(80,90] 3.926 50.707 0.825 4.76 2e-06
По умолчанию, coxph
рассчитать все с первым кластером по умолчанию. Но что, если клинический дефолт был 70-80 лет, а не 40-50 лет?
Как я могу сказать coxph взять n-й кластер по умолчанию?
1 ответ
lung2=lung
lung2$age.cl = cut(lung2$age, c(40,50,60,70,80,90))
lung2$age.cl_relevel <- relevel(lung2$age.cl, '(70,80]')
cox = coxph(Surv(time, status) ~ age.cl_relevel, data = lung2)