Как запустить ансамбль-веп в конде

Question

Я установил так:

      conda install ensembl-vep=105.0-0

А затем установил человеческий кеш следующим образом:

      vep_install -a cf -s homo_sapiens -y GRCh38 -c /mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/refs/vep —CONVERT

Но я не могу заставить его работать с какими-либо командами, например

      vep --dir_cache "/mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/conda/envs/bioinfo/share/ensembl-vep-105.0-0" \
   -i "/mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/data/test/manual/results/variants/cohort.norm_recalibrated.vcf" \
   -o "/mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/data/test/manual/results/variants/vep_output.txt”

Это дает сообщение об ошибке загрузки кешей:

      IMPORTANT INFORMATION:
The VEP can read gene data from either a local cache or local/remote databases.

Или этот:

      vep --cache \
   -i "/mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/data/test/manual/results/variants/cohort.norm_recalibrated.vcf" \
   -o "/mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/data/test/manual/results/variants/vep_output.txt”

Это дает ошибку:

      MSG: ERROR: Cache directory /mnt/gpfs/home/skgtmdf/.vep/homo_sapiens not found

Я не думаю, что кто-нибудь сможет указать мне правильное направление?

Answer 1

Я нашел ответ. Вам нужно добавить аргументы --cache и --dir_cache:

      vep --cache --dir_cache "/mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/conda/envs/bioinfo/share/ensembl-vep-105.0-0" \
   -i "/mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/data/test/manual/results/variants/cohort.norm_recalibrated.vcf" \
   -o "/mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/data/test/manual/results/variants/vep_output.txt"