Глиф/график/макет SBML

Question

Знаете ли вы, как создать рисунок или график, который я могу преобразовать или экспортировать в SVG из своих моделей SBML. Или, может быть, напрямую сгенерировать SVG из модели SBML, записанной в XML?

Я читал документацию, но это не помогает мне в этом проекте.

Answer 1

Есть способы добиться этого, но насколько полезны эти графики, зависит от содержимого файла SBML. Предположим, что файл SBML содержит информацию о макете в пакете макета SBML. В этом случае его можно преобразовать в такое изображение с помощью таких инструментов, как следующие:

• ЭшерКонвертер
• Средство просмотра макетов SBML

Если файл SBML не содержит информации о макете, автоматические инструменты макета могут генерировать такие графики, например,

• Cytoscape с приложением Cy3SBML
• Онлайн-конвертер форматов системной биологии (SBFC)
• CellDesigner
• Другим вариантом может быть платформа MINERVA , которая создает макеты, аналогичные CellDesigner, и предоставляет множество возможностей для работы с SBML, например, через веб-сервисы.

Пожалуйста, обрати внимание:

1. Конвертер форматов системной биологии (SBFC) создает файлы GraphViz для дальнейшей обработки. Вы можете скомпилировать их с помощью GraphViz и получить SVG на основе автоматизированного макета.
2. CellDesigner напрямую поддерживает экспорт SVG. Из File> Export Image…> Выбрать SVG filesа потом Save. В настоящее время CellDesigner поддерживает только SBML до уровня 2 версии 4. Его макеты часто удобны и могут быть легко настроены вручную. Однако может потребоваться сначала преобразовать модель с понижением частоты, используя SBFC. Существуют также импортеры и конвертеры для CellDesigner, которые при необходимости могут работать с пакетом SBML Layout, например CellDesigner Parser.

Answer 2

Я бы связался с лабораторией Sauro, у них есть ряд инструментов в разработке, которые должны быть в состоянии сделать это (включая PDF). Они также поддерживают расширение макета/рендеринга SBML. Они также разрабатывают конвертер pydot в SBML.