Разделить мультиаллельный на двуаллельный в vcf по plink 1.9 и его варианту имени

Question

Я пытаюсь использовать plink1.9 для разделения мультиаллельного на двуаллельный. Вход состоит в том, что

      1       chr1:930939:G:A 0       930939  G       A
1       chr1:930947:G:A 0       930947  A       G
1       chr1:930952:G:A;chr1:930952:G:C 0       930952  A       G

Что он сделал:

      1       chr1:930939:G:A 0       930939  G       A
1       chr1:930947:G:A 0       930947  A       G
1       chr1:930952:G:A;chr1:930952:G:C 0       930952  A       G
1       chr1:930952:G:A;chr1:930952:G:C 0       930952  A       G

Я ожидаю:

      1       chr1:930939:G:A 0       930939  G       A
1       chr1:930947:G:A 0       930947  A       G
1       chr1:930952:G:A 0       930952  A       G
1       chr1:930952:G:C 0       930952  A       G

Пожалуйста, помогите мне создать файл vcf, ped или map, как я ожидал. Спасибо.

Answer 1

Я использовал bcftools для выполнения задачи.

https://github.com/samtools/bcftools/issues/1193