Ошибка с align_cds при использовании "monocle3"
Я студент Сеульского национального университета. Недавно я запустил monocle3 для анализа траектории.
После того, как я объединил CDS моей одиночной клеточной последовательности РНК. наборы данных (предварительно обработанные cell_ranger), я попытался выровнять их, но не смог и обнаружил «Ошибка: нижний индекс содержит недопустимые имена»
** Наборы данных представляют собой иммунные клетки последовательности одноклеточной РНК рака человека. данные.
Любая помощь будет принята с благодарностью.
cds1 <- load_cellranger_data("D:/Single cell/T1/2020.01.15/")
cds2 <- load_cellranger_data ("D:/Single cell/T2/2020.07.15/")
cds3 <- load_cellranger_data ("D:/Single ячейка /T3/ 2021.03.01 / ")big_cds <--common_cds (list(cds1, cds2, cds3))
big_cds <- preprocess_cds (big_cds, num_dim = 20)
big_cds <- align_cds(big_cds,alignment_group = "batch")
Выравнивание ячеек из разных пакетов с помощью Batchelor. Не забудьте процитировать: Haghverdi L, Lun ATL, Morgan MD,Marioni JC (2018). «Пакетные эффекты в данных секвенирования РНК одной клетки корректируются путем сопоставления ближайших соседей». Nat. Biotechnol.,36(5), 421-427. doi: 10.1038/nbt.4091
Ошибка: нижний индекс содержит недопустимые именаВыслеживать()
11: остановить (wmsg(...), call. = FALSE)
10: .subscript_error("нижний индекс содержит недопустимый", что)
9: NSBS(i, x, точный = точный, strict.upper.bound =! Allow.append,allow.NAs = allow.NAs)
8: NSBS(i, x, точный = точный, strict.upper.bound =! Allow.append,allow.NAs = allow.NAs)
7: normalizeSingleBracketSubscript(i, xstub)
6: extractCOLS(x, j)
5: extractCOLS(x, j)
4: colData(cds)[, alignment_group]
3: colData(cds)[, alignment_group]
2: batchelor:: ReducedMNN(as.matrix(preproc_res), batch =colData(cds)[, alignment_group], k = alignment_k)
1: align_cds(big_cds, alignment_group = "партия")
sessionInfo: R версия 4.1.1 (2021-08-10) Платформа:x86_64-w64-mingw32/x64 (64-разрядная) Работает под: Windows 10 x64 (сборка 19043)
Матричные продукты: по умолчанию
языковой стандарт: [1] LC_COLLATE=Korean_Korea.949 LC_CTYPE=Korean_Korea.949LC_MONETARY=Korean_Korea.949 LC_NUMERIC=C LC_TIME=Korean_Korea.949
прилагаемые базовые пакеты: [1] stats4 параллельная статистика графика grDevices использует наборы данных методы база
другие прикрепленные пакеты: [1] batchelor_1.8.1 Nebulosa_1.2.0monocle3_1.0.0 SingleCellExperiment_1.14.1 SummarizedExperiment_1.22.0[6] GenomicRanges_1.44.0 GenomeInfoDb_1.28.4 IRanges_2.26.0S4Vectors_0.30.0 MatrixGenerics_Generics_Generics_1.4.3_0.30.0 MatrixGenerics_Generics_1.4.3_0.3 [11.6] .38.0 colorRamps_2.3 colorspace_2.0-2 [16] RColorBrewer_1.1-2 ggplot2_3.3.5 patchwork_1.1.1 dplyr_1.0.7SeuratObject_4.0.2 [21] Seurat_4.0.4
загружается через пространство имен (и не прикрепляется): [1] plyr_1.8.6 igraph_1.2.6lazyeval_0.2.2 splines_4.1.1 BiocParallel_1.26.2 [6] listenv_0.8.0scattermore_0.7 digest_0.6.28 htmltools_0.5.2 viridis_0.6.1 [11] Fani_0 .5.0 magrittr_2.0.1 ScaledMatrix_1.0.0 tensor_1.5 cluster_2.1.2[16] ks_1.13.2 ROCR_1.0-11 globals_0.14.0 spatstat.sparse_2.0-0ggrepel_0.9.1 [21] crayon_1.4.1 RCurl_1.98-1.5 jsonlite_1.7.2spatstat.data_2.1-0 survival_3.2-13 [26] zoo_1.8-9 glue_1.4.2polyclip_1.10-0 gtable_0.3.0 zlibbioc_1.38.0 [31] XVector_0.32.0leiden_0.3.9 DelayedArray_0.18.0 BiocSingular_1.8.1 future.apply_1.8.1[36] abind_1.4-5 scale_1.1.1 mvtnorm_1.1-2 miniUI_0.1.1.1 Rcpp_1.0.7[41] viridisLite_0.4.0 xtable_1.8-4 reticulate_1.22spatstat.core_2.3-0 rsvd_1.0.5 [46] mclust_5.4.7 ResidualMatrix_1.2.0htmlwidgets_1.5.4 httr_1.4.2 ellipsis_0.3.2 [51] ica_1.0-2pkgconfig_2.0.3 farver_2.1.0 scuttle_1.2.1 uwot_0.1.10 [56]deldir_0.2-10 utf8_1.2.2 tidyselect_1.1.1 labeling_0.4.2 rlang_0.4.11[61] reshape2_1.4.4 later_1.3.0 munsell_0.5.0 tools_4.1.1 cli_3.0.1[66] generics_0.1.0 ggridges_0.5.3 stringr_1.4.0 fastmap_1.1.0goftest_1.2-2 [71] fitdistrplus_1.1-5 purrr_0.3.4 RANN_2.6.1pbapply_1.5-0 future_1.22.1 [76] nlme_3.1-153 sparseMatrixStats_1.4.2mime_0.11 pracma_2.3.3 compiler_4.1.1 [81] rstudioapi_0.13plotly_4.9.4.1 png_0.1-7 spatstat.utils_2.2-0 tibble_3.1.4 [86]stringi_1.7.4 RSpectra_0.16-0 lattice_0.20-45 Matrix_1.3-4 vctrs_0.3.8[91] pillar_1.6.3 lifecycle_1.0.1 BiocManager_1.30.16spatstat.geom_2.2-2 lmtest_0.9-38 [96] RcppAnnoy_0.0.19 Данные BiocNeighbors_1.10.0. table_1.14.0 cowplot_1.1.1 bitops_1.0-7[101] irlba_2.3.3 httpuv_1.6.3 R6_2.5.1 promises_1.2.0.1KernSmooth_2.23-20 [106] gridExtra_2.3 параллельно_1.28.1codetools_0.2-18 MASS_7.3-54 assertthat_0.2.1 [111] withr_2.4.2sctransform_0.3.2 GenomeInfoDbData_1.2.6 mgcv_1.8-37 grid_4.1.1 [116]rpart_4.1-15 beachmat_2.8.1 tidyr_1.1.3 DelayedMatrixStats_1.14.3Rtsne_0.15 [121] shiny_1.7.0