Библиотека не загружена: @rpath/libhdf5.103.dylib при импорте scanpy и таблиц

Question

Я установил scanpy и все необходимые связанные пакеты в PyCharm (таблицы, numpy и т. Д.), Но когда я пытаюсь импортировать scanpy, я получаю следующую ошибку:

      ImportError: dlopen(/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages/tables/utilsextension.cpython-39-darwin.so, 2): Library not loaded: @rpath/libhdf5.103.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages/tables/utilsextension.cpython-39-darwin.so
  Reason: image not found

Та же ошибка появляется, когда я пытаюсь импортировать таблицы, поэтому кажется, что это более серьезная проблема с импортом этого пакета (от которого зависит scanpy). Я пробовал удалить и переустановить scanpy и таблицы, а также сам PyCharm, и я продолжаю получать эту ошибку.

Я новичок в этом и, честно говоря, даже не знаю, как интерпретировать сообщение об ошибке выше или подойти к этой проблеме. Следует ли хранить libhdf5.103.dylib где-нибудь еще? Похоже, что libhdf5.103.dylib в настоящее время существует в usr> opt> anaconda3> lib на моем компьютере. Проблема в другом?

Answer 1

Я была такая же проблема. Установка pytables из conda решила проблему

      conda install -c anaconda pytables

Затем я установил scanpy с помощью pip

Answer 2

Прикол от работы Нейронура. Если вы хотите сохранить часть своего хранилища, основной способ заставить его работать - создать символическую ссылку в вашей среде: ln -s /Users/yourLocalUserName/miniconda3/envs/your_envs_name/lib/libhdf5.dylib /Users/yourLocalUserName/miniconda3/envs/your_envs_name/lib/libhdf5.103.dylib

ln -s /Users/yourLocalUserName/miniconda3/envs/your_envs_name/lib/libhdf5_cpp.dylib /Users/yourLocalUserName/miniconda3/envs/your_envs_name/lib/libhdf5_cpp.103.dylib