Python Numpy (v1.15.0) не подходит для параболы

Question

У меня проблемы с пониманием, почему NumPy так трудно подгонять параболу к этим данным?

def make_poly(x, coefs):
    # generate a polynomial from an array of coefficients
    f = numpy.zeros(len(x))
    for i in range(len(coefs)):
        f = f + coefs[-1-i]*x**i
    return(f)


xx = [1443.56, 1443.56, 1450.83, 1447.59, 1454.9, 1434.77, 1423.74, 1426.87, 1438.75, 1447.59, 1454.9, 1444.36, 1454.9, 1426.09, 1454.08, 1453.27, 1447.59, 1449.2, 1451.64, 1454.08, 1454.08, 1454.9, 1454.9, 1455.71, 1452.45, 1450.01, 1453.27, 1430.81, 1454.9, 1448.39, 1432.39, 1452.45, 1445.16, 1431.6, 1447.59, 1447.59, 1425.3, 1443.56, 1453.27, 1424.52, 1429.23, 1421.4, 1454.08, 1445.97, 1427.66, 1429.23, 1433.18, 1430.81, 1440.35,1429.23]

yy = [120.15, 120.15, 123.09, 122.07, 123.52, 116.35, 104.75, 108.34, 119.13, 122.07, 124.27, 120.29, 124.27, 106.6, 124.27, 124.13, 122.07, 122.2,  122.34, 123.37, 124.27, 124.27, 124.27, 124.41, 122.34, 122.2,  123.24, 111.95, 124.27, 121.31, 113.71, 123.24, 121.18, 113.71, 121.31, 122.07, 106.6,  121.04, 124.13, 105.61, 110.96, 100.31, 123.37, 121.18, 109.21, 111.83, 114.58, 112.83, 118.38, 110.96]

fit_result = numpy.polyfit(x=xx, y=yy, deg=2, full=True)
newX = numpy.linspace(1420, 1460, 100)
pyplot.scatter(xx, yy)
pyplot.plot(newX, make_poly(newX, fit_result[0]), 'g', linewidth =.5)
pyplot.show()

Запуск этого также бросает сообщение:

Python(35100,0x7fff9cda3380) malloc: *** mach_vm_map(size=18446744072151506944) failed (error code=3)
*** error: can't allocate region
*** set a breakpoint in malloc_error_break to debug
init_dgelsd failed init

Я запускаю это на ОС High Sierra, Python 3.7.0, numpy 1.15.0 (установлен с помощью homebrew).

Answer 1

Код, приведенный в примере, работает хорошо. Итак, я полагаю, что проблема заключается в состоянии версий пакетов. Вероятно, чтобы исправить ошибку, вы должны убедиться, что wheel, setuptools и pip + используемые вами пакеты актуальны. Используйте команды ниже для этого:

pip install --upgrade pip setuptools wheel
pip install -I numpy matplotlib # + Other packages.

После завершения установки повторите попытку. Если ошибка не устранена, пожалуйста, уточните вопрос о версиях python и используемых вами пакетах (чтобы она стала воспроизводимой).

Обновить:

Ответ выше устранил проблему, особенно обновление NumPy от 1.15.0 в 1.15.1

Answer 2

В поисках init_dgelsd в Google появляется отчет об ошибке: py-numpy: numpy.polyfit, сломанный с вариантом + gfortran на High Sierra.

Вы можете запустить

import numpy
numpy.test('full')

... запустить встроенный набор тестов NumPy и проверить, нет ли у него проблем.

Мойка Миклавец предлагает:

Видимо либо

sudo port install py37-numpy +gcc7

или же

sudo port install py37-numpy +gcc8

Устранена проблема, но было бы идеально выяснить, почему именно, прежде чем слепо менять настройки по умолчанию.

Answer 3

Ваш код работает как чудо для меня, производя следующий вывод (Version:3.6.1 |Anaconda 4.4.0 (x86_64), Кстати, вам не нужна ваша дополнительная функция make_poly создать многочлен. NumPy уже предлагает вам poly1d, Следующий сокращенный код без make_poly работает так же:

fit_result = np.polyfit(xx, yy, 2)
fit_eq = np.poly1d(fit_result)
newX = np.linspace(1420, 1460, 100)
plt.scatter(xx, yy)
plt.plot(newX, fit_eq(newX), 'g', linewidth =.5)