Документ Bookdown не отображает выходные данные правильно

Question

У меня есть резервный документ, который отлично отображается на моем локальном компьютере, но когда я запускаю его как автоматизированный процесс с помощью GitHub Actions, выходные данные отдельных фрагментов кода отображаются в беспорядке:

Это репозиторий GitHub для книги: https://github.com/ries9112/cryptocurrencyresearch-org

И здесь выполняются автоматические прогоны через действия GitHub: https://github.com/ries9112/cryptocurrencyresearch-org/actions

Чтобы помочь устранить проблему, я создал отдельный репозиторий в качестве гораздо более простого примера, и я столкнулся с той же проблемой. Вот репозиторий для более простого примера: https://github.com/ries9112/bookdown-test

Я развернул результаты этого более простого теста, и вы можете найти их здесь: https://brave-leakey-37b898.netlify.app/intro.html#here-adding-new-test

Формат документов полностью хорош локально, поэтому похоже, что мне может потребоваться что-то еще, но в настоящее время я устанавливаю pandoc и tinytex, и я не могу понять, чего еще может не хватать. Вот файл YAML, который определяет действие GitHub:

       jobs:
  build:
    runs-on: macOS-10.15
    steps:
      - uses: actions/checkout@v2
      - uses: r-lib/actions/setup-r@v1
      - name: Install pandoc and pandoc citeproc
        run: |
          brew install pandoc
          brew install pandoc-citeproc
      - name: Install Packages
        run: |-
          Rscript -e "install.packages(c('pins','bookdown','tidyverse','DT'))"
      - name: Refresh book
        run: |-
          Rscript -e "bookdown::render_book('index.Rmd', 'bookdown::gitbook')"

Есть ли какие-либо мысли по поводу чего-либо, чего может не хватать на этих этапах установки, чтобы это отображалось правильно? Я пробовал использовать Ubuntu и Windows и столкнулся с теми же проблемами.

Я также попробовал эти шаги для установки pandoc и tinytex и столкнулся с той же самой проблемой:

             - uses: r-lib/actions/setup-pandoc@v1
      - uses: r-lib/actions/setup-tinytex@v1

Был бы очень признателен за любые мысли о том, как решить эту проблему!

Также опубликовано в сообществе RStudio и будет обновлять оба ответа, если он будет найден.

Answer 1

Я думаю, вам нужно отключить красящие включена в карандашный пакет, который используется в tidyverse.

По умолчанию он активируется в Github Action, когда вы используете setup-r https://github.com/r-lib/actions/blob/9598b8eeb6d88de7d76d580d84443542bbfdffce/setup-r/action.yml#L14-L16

Поэтому вам нужно изменить его на FALSE

      - uses: r-lib/actions/setup-r@v1
        with:
          crayon.enabled: 'FALSE'

в ваших действиях yaml файл.

Вы также можете отключить его как опцию в своем проекте резервной копии

options(crayon.enabled = FALSE)

Вы должны сделать это в Github Action, потому что цветной карандаш не отключается автоматически при использовании в GHA. Не знаю почему