Как добавить смещение в смешанную модель

Question

У меня есть набор данных, содержащий количество шагов коров из 4-недельного испытания, в котором каждое животное подвергалось лечению A или лечению B в начале 2-й недели, и я хочу знать, как скорость шага в двух группах лечения изменялась каждую неделю. по сравнению с неделей 1.

Как мне для этого добавить смещение к моей модели?

Перед добавлением смещения я использую следующую модель:

mod.1 <- glmmTMB(Step.count ~ Week*Treatment + (1|Cow.ID), data = data.df, family = poisson) 

Вот пример моих данных

data.1 <- data.frame(Cow.ID = rep(1, 20),
       Week = sample(c(1,2,3,4), 20, replace = TRUE),
       Treatment = sample(c("infected"), 20, replace = TRUE),
       Step.count = rpois(20, 60.1))

data.2 <- data.frame(Cow.ID = rep(2, 20),
                 Week = sample(c(1,2,3,4), 20, replace = TRUE),
                 Treatment = sample(c("infected"), 20, replace = TRUE),
                 Step.count = rpois(20, 60.1))

data.3 <- data.frame(Cow.ID = rep(3, 20),
                 Week = sample(c(1,2,3,4), 20, replace = TRUE),
                 Treatment = sample(c("non-infected"), 20, replace = TRUE),
                 Step.count = rpois(20, 60.1))


data.4 <- data.frame(Cow.ID = rep(4, 20),
                 Week = sample(c(1,2,3,4), 20, replace = TRUE),
                 Treatment = sample(c("non-infected"), 20, replace = TRUE),
                 Step.count = rpois(20, 60.1))


sample.df <- rbind(data.1, data.2, data.3, data.4)

Answer 1

Трудно сказать без примера ваших данных, но если предположить, что у вас есть datafame что-то вроде этого

library(dplyr)

cows <- tibble(
    Cow.Id = rep(1:4, times = 5),
    Week = rep(1:5, each = 4),
    Step.count = floor(runif(20, 100,200)),
    Treatment = rep(c('A','B','A','B'), times = 5),
)

Затем вы можете легко вычислить столбец Step.count.offset для каждой коровы вот так:

cows.clean <- cows %>%
    group_by(Cow.Id) %>%
    arrange(Week) %>%
    mutate(
        Step.count.offset = Step.count - first(Step.count)
    ) %>%
    ungroup()