как установить из биокондуктора с помощью install2.r из littler?

Question

Я пытаюсь использовать https://cran.r-project.org/web/packages/littler/vignettes/littler-examples.html для установки некоторых пакетов, во время которых я получаю сообщение об ошибкеdependency 'graph' is not available. Похоже, что этот пакет доступен в проекте Bioconductor (https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/graph.html), но я не знаю, как установить его с помощьюinstall2.r.

Итак, в частности, как я могу установить пакеты биокондукторов, используя install2.r?

Answer 1

Вы не можете, потому что BioConductor использует другую структуру репозитория.

Но поскольку это достаточно частая проблема, я недавно добавил вспомогательный скрипт installBioc.rты используешь. Чтобы использовать это, сначала сделайте

 install.r littler BiocManager

чтобы убедиться, что у нас есть текущий littler релиз, а также пакет BioC BiocManagerнам нужно. Затем используйте, например,

  /usr/local/lib/R/site-library/littler/examples/installBioc.r S4Vectors

и он сработает и установит BiocVersion, S4Vectors а также зависимость BiocGenerics.