Лучший способ получить вывод LaTex из объекта tbl_summary в пакете gtsummary

Question

Я пытаюсь подготовить документ к публикации и делаю все в LaTeX. Однако я только сейчас заметил, чтоgtsummaryеще не поддерживает вывод LaTeX для своих таблиц. Мне интересно, как лучше все же преобразовать таблицы HTML в LaTeX?

Одна из идей - создать такой веб-сайт, как https://tableconvert.com/, и преобразовать его из HTML.

Два вопроса:

1. Как на самом деле вывести необработанный HTML-код из gtвозражать против этого? R автоматически форматирует объект tbl_summary, и я не вижу никаких вспомогательных функций для получения необработанного HTML.

2. Есть ли лучший способ преобразовать таблицы в LaTeX для публикаций, требующих отправки в LaTex?

Answer 1

Ответ в некоторой степени зависит от того, используете ли вы R markdown для создания целых документов LaTeX, или вы берете код LaTeX для одной таблицы и добавляете его вручную в более крупный документ.

R Markdown: {gtsummary} поддерживает вывод в PDF/LaTeX через несколько разных движков -gt (хотя технически все еще разрабатывается для LaTeX. Для простых таблиц у меня не было проблем с хорошей совместимостью gt и Latex), гибкая, huxtable, Kable и KableExtra. http://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/dev/articles/rmarkdown.html Использование одного из этих вариантов вывода для таблицы gtsummary должно работать на вас.

Если вам нужно преобразовать одну таблицу gtsummary в LaTeX или HTML, вам сначала нужно преобразовать ее в {gt}, а затем использовать функции gt::as_latex() или gt::as_raw_html(). Это поможет получить необработанный код HTML или Latex, который вам нужен.

library(gtsummary)
library(tidyverse)

trial %>%
  select(age, trt) %>%
  tbl_summary() %>%
  as_gt() %>%
  gt::as_latex()

\captionsetup[table]{labelformat=empty,skip=1pt}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
\textbf{Characteristic} & \textbf{N = 200}\textsuperscript{1} \\ 
\midrule
Age, yrs & 47 (38, 57) \\ 
Unknown & 11 \\ 
Chemotherapy Treatment &  \\ 
Drug A & 98 (49\%) \\ 
Drug B & 102 (51\%) \\ 
\bottomrule
\end{longtable}
\vspace{-5mm}
\begin{minipage}{\linewidth}
\textsuperscript{1}Statistics presented: median (IQR); n (\%) \\ 
\end{minipage}

Я надеюсь, что это близко к тому, что вам нужно / вы ищете! Удачного кодирования!