Можно ли использовать функцию tbl_regression с функцией lmer со случайным эффектом?

Question

Я работаю над противогрибковой активностью некоторых молекул ("цикло"), добавленных фунгицидами, и хочу оценить влияние этих цикло и соотношение их концентраций. CMI - это количественная переменная, а все остальные переменные - факторы.

У меня есть такой сценарий:

mod=lmer(CMI ~ cyclo*ratio + (1|fungicide) + (1|strains), data)

И я хотел бы знать, могу ли я использовать tbl_regression() (library(gtsummary)) с моим lmer()?

Если да, что я должен указать для возведения в степень? Если я напишуexponentiate=FALSE Я получаю те же значения, что и оценки в классической summary(mod).

Спасибо за помощь

Штеффи

Answer 1

Поведение по умолчанию для tbl_regression()для моделей со смешанными эффектами - печатать только фиксированные эффекты. Чтобы увидеть полный вывод, включая случайные компоненты, вам необходимо переопределить функцию по умолчанию для очистки результатов модели с помощьюtidy_fun= аргумент.

library(gtsummary)

lme4::lmer(age ~ marker + (1|grade), trial) %>%
  tbl_regression(
    # set the tidying function to broom.mixed::tidy to show random effects
    tidy_fun = broom.mixed::tidy,
  )

Вы можете использовать label= аргумент для обновления метки, отображаемой для случайных компонентов, если хотите.

По умолчанию exponentiate = FALSE, поэтому вам не нужно указывать tbl_regression() вызов.

Подробнее о tidy_fun=аргумент, вы можете просмотреть этот файл справки: http://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/reference/vetted_models.html

Надеюсь это поможет! Удачного кодирования!