Установить указанный уровень фактора в качестве эталона в регрессии GT?

Question

Я использую пакет gtsummary для создания таблиц из логистических регрессий.

Я хотел бы, например, использовать уровень этапа "T3" в данных испытания в качестве контрольного уровня вместо уровня "T1" по умолчанию. Как я могу сделать это в этом примере кода?

Я стремлюсь сделать это как для одномерной, так и для многомерной логистической регрессии, поэтому предполагаю, что ответ будет работать в обоих сценариях.

library(gtsummary)
library(dplyr)

trial %>%
  dplyr::select(age, trt, marker, stage, response, death, ttdeath) %>%
  tbl_uvregression(
    method = glm,
    y = death,
    method.args = list(family = binomial),
    exponentiate = TRUE,
    pvalue_fun = function(x) style_pvalue(x, digits = 2)) %>%
  # overrides the default that shows p-values for each level
  add_global_p() %>%
  # adjusts global p-values for multiple testing (default method: FDR)
  add_q() %>%
  # bold p-values under a given threshold (default 0.05)
  bold_p() %>%
  # now bold q-values under the threshold of 0.10
  bold_p(t = 0.10, q = TRUE) %>%
  bold_labels() %>% as_gt()

С уважением, Нелли

Answer 1

Мне удалось решить мою собственную проблему, используя функцию forcats "fct_relevel", чтобы установить желаемый уровень для категориальной переменной в качестве ссылки.

trial$stage <- forcats::fct_relevel(trial$stage, "T3")