Почему функция "округление" не работает с цифрами p-значения? и как отрегулировать цифры процентов в сводных таблицах с помощью gtsummary?

Question

Когда я создавал "настраиваемую функцию pvalue для add_p()", я пытался настроить цифры p-значения, но обнаружил, что функция "круглой" дозы не работает. (см. код "result $ p <- round (result $p, 3)")

Кроме того, я обнаружил, что не могу изменить цифры в процентах от числа подсчетов в сводной таблице.

ttest1 <- function(data, variable, by, ...) {
  result <- list()
  result$p <- stats::t.test(data[[variable]] ~ data[[by]])$statistic
  result$p <- round(result$p, 3)
  result$test <- "t test"
  result
}

ttest2 <- function(data, variable, by, ...) {
  result <- list()
  result$p <- stats::t.test(data[[variable]] ~ data[[by]])$p.value
  result$p <- round(result$p, 3)
  result$test <- "t test"
  result
}


add_p_ex1 <-trial[c("age","grade", "response", "trt")] %>%
  tbl_summary(by = trt,
              statistic = list(all_continuous() ~ "{mean} ± {sd}",
                               all_categorical() ~ "{n} ({p})"),
              digits = list(all_continuous() ~ c(2, 2))) %>%
  add_p(test = list(all_continuous() ~ "ttest1", all_categorical() ~ "chisq1")) %>% 
  modify_header(p.value = md("**t/X2**"))


add_p_ex2 <-
  tbl_summary(by = trt,
              statistic = list(all_continuous() ~ "{mean} ± {sd}",
                               all_categorical() ~ "{n} ({p})"),
              digits = list(all_continuous() ~ c(2, 2))) %>%
  add_p(test = list(all_continuous() ~ "ttest1", all_categorical() ~ "chisq2"))

tbl_merge(list(add_p_ex1, add_p_ex2)) %>%
  as_gt(include = -tab_spanner) %>%
  cols_hide(columns = vars(stat_1_2, stat_2_2))

Answer 1

Во-первых, могу я похвалить вас за стол, который вы построили: я очень впечатлен!

Чтобы изменить форматирование p-значения в таблице, используйте add_p(pvalue_fmt=)аргумент для передачи функции. Функция должна принимать числовой вектор и возвращать отформатированный / округленный вектор символов.

Мы все еще работаем над тем, чтобы пользователи могли изменить форматирование процентов по умолчанию в tbl_summary()выход. В разрабатываемой версии gtsummary мы ввели темы, которые позволяют вам указывать предпочтения для отображения вывода. Я привел пример ниже, а вот ссылка на виньетку, если вы хотите узнать больше. (К вашему сведению, вы также можете установить функции форматирования p-значения с помощью тем.) http://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/dev/articles/themes.html

# install dev version 
remotes::install_github("ddsjoberg/gtsummary")

# load gtsummary package
library(gtsummary)
packageVersion("gtsummary")
#> [1] '1.3.0.9008'

# set theme where percentages are rounded to 1 decimal place
set_gtsummary_theme(list(
  "tbl_summary-fn:percent_fun" = function(x) sprintf(x * 100, fmt='%#.1f')
))

# creating summary table
tbl <-
  trial %>%
  dplyr::select(trt, age, grade) %>%
  tbl_summary(by = trt) %>%
  # rounding p-values to 3 decimal places
  add_p(pvalue_fun = function(x) sprintf(x, fmt='%#.3f'))

^{Создано 06.05.2020 пакетом REPEX (v0.3.0)}