Как найти в выводе скрипта и сохранить подраздел в файл?

Question

У меня есть команда nipype.interface.afni.Warp, которая дает мне следующий вывод терминала python:

190920-12:22:00,333 nipype.interface INFO:
         stderr 2019-09-20T12:22:00.333467:++ 3dWarp: AFNI version=AFNI_19.2.21 (Aug 29 2019) [64-bit]
190920-12:22:00,334 nipype.interface INFO:
         stderr 2019-09-20T12:22:00.334117:++ Authored by: RW Cox
190920-12:22:00,365 nipype.interface INFO:
         stderr 2019-09-20T12:22:00.365105:++ Using minimum spacing of 1.000000 mm for new grid spacing
190920-12:22:03,252 nipype.interface INFO:
         stderr 2019-09-20T12:22:03.252756:++ Output dataset /media/sf_Ubuntu_files/dicomtest/warp_test.nii.gz
190920-12:22:03,253 nipype.interface INFO:
         stdout 2019-09-20T12:22:03.253083:# mat44 Obliquity Transformation ::
190920-12:22:03,253 nipype.interface INFO:
         stdout 2019-09-20T12:22:03.253083:      1.000000     -0.000000      0.000000       0.000000
190920-12:22:03,253 nipype.interface INFO:
         stdout 2019-09-20T12:22:03.253083:      0.000000      0.999592     -0.028568      -1.842994
190920-12:22:03,253 nipype.interface INFO:
         stdout 2019-09-20T12:22:03.253083:     -0.000000      0.028568      0.999592       3.788057

Я хочу захватить матрицу внизу под строкой "# mat44 Obliquity Transformation::" и записать ее в файл. Я уже делал это в bash, это выглядит так:

3dWarp -flags_and_stuff | \grep  -A 4 '# mat44 Obliquity Transformation ::'  > $filename.1D

Однако я хочу написать указанную выше команду bash, используя вместо этого python.

Следуя инструкциям из этого сообщения в блоге, я попробовал это:

command = ['python3' ,"nipype.interfaces.afni.Warp('more stuff').run()"]
my_env = os.environ.copy()
my_env["PATH"] = "/usr/sbin:/sbin:" + my_env["PATH"]
p = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.STDOUT, env=my_env)

Но когда я печатаю p.communicate() Я получил:

>>> p.communicate()
(b"python3: can't open file 'nipype.interfaces.afni.Warp(<stuff>).run()': [Errno 2] No such file or directory\n", None)

Как мне заставить эту работу работать на Python? Или лучше выполнить в bash? Сценарий, который я пишу, будет использовать эту строку тысячи раз, поэтому какой бы ни был самый быстрый (который, как я предполагаю, также означает самый "питонический") метод.

Answer 1

Я думаю, что ваши аргументы командной строки python3 неверны в Python Popenвызов. С

command = ['python3' ,"nipype.interfaces.afni.Warp('more stuff').run()"]

запущенный python3 процесс думает, что первый аргумент - это файл, который нужно выполнить, но вы намеревались запустить фрагмент кода Python.

Измените свой command заявление о следующем:

command = ['python3' ,'-c', "nipype.interfaces.afni.Warp('more stuff').run()"]

Это должно сделать порожденный python3 процесс интерпретирует этот аргумент как команду для выполнения, а не как имя файла.

Это, конечно, при условии, что вы в первую очередь хотите это сделать. Если вы запускаете подпроцесс Python в Python, почему бы просто не запуститьnipype.interfaces.afni.Warp('more stuff').run() в вашем скрипте без использования Popen?