Как использовать команды плагина в bcftools?

Question

Моя цель - использовать bcftools для проверки совпадения эталонных аллелей в моем наборе данных (файл vcf) с эталонным геномом (файл fasta) с помощью плагина fixref.

Работая в командной строке, я сначала установил следующую среду:

export BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins

Для тестовых наборов данных с несоответствиями рекомендуется следующий код:

bcftools +fixref test.bcf -Ob -o output.bcf -- -f ref.fa -m top

Когда я запускаю этот код, используя свои собственные файлы (обратите внимание, что мои данные - это.vcf, а не.bcf), я получаю следующую ошибку:

[main] Unrecognized command

Если я просто ввожу:

bcftools

Я получаю список из 5 команд (view, index, cat, ld, ldpair), которые я могу использовать. Итак, хотя я установил среду, ее нужно как-то активировать? Нужно ли мне запускать мою команду через сценарий bash?

Answer 1

bcftools

указывал на устаревшую версию bcftools (0.1.19) в../bin/, а

BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins

указывал на плагины для bcftools версии 1.10.2 за пределами / bin /

Замена../bin/bcftools (0.1.19 на 1.10.2) была исправлением.