Измените пределы y (особенно минимальные) с помощью Vlnplot

Question

Я хотел бы нарисовать сценарий скрипки из данных одной ячейки.

Я использую эту функцию: Vlnplot(object, features, cols = NULL, pt.size = 0.1)

Но я бы хотел изменить ось y с 3000-10000 вместо 0 на 70000.

Они предлагают изменить только y max, но не среднее

Есть у кого-нибудь идеи, как это сделать?

Answer 1

В VlnPlot функция в Seurat Пакет R использует ggplot2нарисовать скрипичный сюжет. Это означает, что мы можем изменить ось Y, используяscale_y_continuous.

В вашем случае, чтобы изменить ось Y вашего скрипичного сюжета на 3000-10000, мы должны написать:

VlnPlot(object, features, cols = NULL, pt.size = 0.1) + scale_y_continuous(limits = c(3000,10000))

Чтобы показать вам воспроизводимый пример, мы можем нарисовать сценарий скрипки, используя pbmc_small набор данных из Seurat пакет:

VlnPlot(pbmc_small, "CD3E")

сценарий скрипки по умолчанию

График выше имеет ось по умолчанию от 0 до примерно 6,3. Вот как тот же график выглядит после изменения оси Y с помощьюscale_y_continuous, в котором я увеличиваю масштаб от 0 до 3:

VlnPlot(pbmc_small, "CD3E") + scale_y_continuous(limits = c(0,3))

сценарий скрипки после смены оси

Многие другие визуализации в Seurat пакет также использует ggplot2, поэтому вы можете вносить в них все типы косметических изменений, используя различные команды ggplot2 (темы, метки осей, цвета и т. д.)