Плоская карта Nextflow не выполняется должным образом

Question

У меня есть словарь "данные". И мне нужно проанализировать пару ключ-значение для процесса. Конечный результат должен выглядеть так:

carcode=somename
params={minimum=3000, ignore=60, maximum_A=2500, maximum_B=500}
carcode=somename2
params={minimum=5000, ignore=100, maximum_A=3500, maximum_B=22500}

Я написал этот код, и он работает с жестко запрограммированным значением, а не с переменной "it". Я укажу на нее в коде.

data = [
    "a" : "A",
    "b" : "B",
    "c" : [
        "somename":[
            "z" : "Z",
            "y" : "Y",
            "params" :[
                "minimum": "3000",
                "ignore": "60",
                "maximum_A": "2500",
                "maximum_B": "500"
            ]
        ],

        "somename2":[
            "z" : "Z",
            "y" : "Y",
            "params" :[
                "minimum": "5000",
                "ignore": "100",
                "maximum_A": "3500",
                "maximum_B": "22500"
            ]
        ]
    ]
]

carcodes = Channel.from(data.c.keySet())
transform_carcodes = carcodes.flatMap { it ->  [it] }
//HERE
results = transform_carcodes.flatMap { it ->  [barcode: it, params: data.c."somename".params] }
//HERE
results.subscribe onNext: { println it }

В настоящее время вывод получает правильные ключи, но использует значение жестко запрограммированного ключа:

carcode=somename
params={minimum=3000, ignore=60, maximum_A=2500, maximum_B=500}
carcode=somename2
params={minimum=3000, ignore=60, maximum_A=2500, maximum_B=500}

Почему не работает, когда я работаю params: data.c.it.params?

Получаю вывод: Cannot get property 'params' on null object

я пытался toString(it)

Кроме того, как только я получу результат, как я могу передать эту пару k / v процессу и создать новый процесс для каждой пары k / v?

process{
    container "python:3"

    script:
    """
    python3 some_file.py <key> <value>
    """
}

При запуске этот процесс должен появиться:

python3 some_file.py somename {minimum=3000, ignore=60, maximum_A=2500, maximum_B=500}
python3 some_file.py somename2 {minimum=3000, ignore=60, maximum_A=2500, maximum_B=500}

Answer 1

В Nextflow мне удалось решить эту проблему следующим образом:

Хитрость в том, чтобы использовать c[it] и нет c.it

carcodes = Channel.from(data.c.keySet())
transform_carcodes = carcodes.flatMap { it ->  [it] }
results = transform_carcodes.flatMap { it ->  [ [it, data.c[it].params] ] }

process A{
    echo true

    input:
    set x,y from results

    script:
    """
    python3.7 run_me.py ${x} \'${y}\'
    """

}

run_me.py

import sys

print("First:")
print(sys.argv[1])
print("Second:")
print(sys.argv[2])

И вывод:

[15/aec54c] process > A (1) [100%] 2 of 2 ✔
First:
somename
Second:
[minimum=3000, ignore=60, maximum_A=2500, maximum_B=500]

First:
somename2
Second:
[minimum=5000, ignore=100, maximum_A=3500, maximum_B=22500]

Answer 2

Если вы это сделаете data.c.it.params в itрассматривается как еще один ключ на вашей вложенной карте. Как только такой ключ не существует, вы получаете нуль дляparams ключ.

Код для достижения желаемого результата может выглядеть так:

def data = [....]

data.c.each{ k, v -> 
  "python3 some_file.py $k {${v.params.collect{ "$it.key=$it.value" }join(', ')}}".execute().text
}

каждая строка отображается как

python3 some_file.py somename {minimum=3000, ignore=60, maximum_A=2500, maximum_B=500}
python3 some_file.py somename2 {minimum=5000, ignore=100, maximum_A=3500, maximum_B=22500}