Как производить Tukey CLD, используя lmer с несколькими факторами
Я пытаюсь проанализировать сельскохозяйственное испытание и хотел бы выполнить многократное сравнение, аналогичное HSD.test. Я предоставил пример кода, демонстрирующий, чего я хотел бы достичь с помощью lmer.
Я пробовал использовать emmeans и cld/glht, но могу получить только половину того, что мне нужно.
library(agricolae)
library(lme4)
library(multcomp)
df <- data.frame(iris,Petal.Colour=c("red","blue"), Country=c("UK","France","Spain"))
#this is what I would usually do to produce means with Tukey letter display
lm.model <- lm(data=df, Petal.Length~ Species + Country)
anova(lm.model)
aov.model <- aov(lm.model)
HSD.test(aov.model, trt = c("Species","Country"), console=T)
#my agricultural trial analysis uses lme4 to control for rows and columns (represented here by 1|Petal.Colour for ease)
lmer.model <- lmer(data=df, Petal.Length ~ Species + Country + (1|Petal.Colour))
anova(lmer.model)
#using emmeans I can produce multiple comparisons with associated p values
emmeans(lmer.model, list(pairwise ~ Species*Country), adjust = "tukey")
#using cld and glht I can get letters but only for one factor
cld(glht(lmer.model,linfct=mcp(Species ="Tukey")))
#or
cld(glht(lmer.model,linfct=mcp(Country ="Tukey")))
#how can I combine these??
Любая помощь с благодарностью получена!