Сплит парные файлы fasta с помощью nextflow

Question

У меня есть пара быстрых файлов, которые я хочу разбить на более мелкие куски, чтобы распараллелить обработку.

Первый фаст reads.fasta содержит последовательности ДНК

>/kingdoms/rce/workspace1/Nanopore/20180223-run9/RawData/BC-BD-chr10/i0013771_20180416_FAH66366_MN19358_sequencing_run_1042_63976_read_126980_ch_412_strand.fast5_template_deepnano {'mapped_end': 24599, 'num_matches': 22704, 'mapped_strand': '+', 'clipped_bases_end': 18, 'num_insertions': 715, 'mapped_start': 226, 'mapped_chrom': 'chr10', 'num_mismatches': 795, 'clipped_bases_start': 154, 'num_deletions': 874} 
CXXACCCGGAGXXXCAGCXAAAAGCXAXACXXACXACCXXTAXXXTATGXXXACXXXXXAXAGACXGTCXXXXCAXCCXACXCCTXCGCACTTGXCXCXCGCXACXGCCGXGCAACAAACACXAAAXCAAAACAGXAAAAXACXACAXCAAAACGCATAXXCCCXAGAAAAAAAXXXTCXXACAATAXACXAXACXACACAAXACABAAXCAGXGACXXXCGXAACAACAAXXXCCTXCACXCXCCAACTXCXCXGCXCGAAXCCCXACATAAXAATATAXCAAAXCXACCGXCXGGAACAXCAXCGCXAXCCAGCXCXTTGXGAACCGCXACCAXCAGCABGXACAGXGGXACCCXCGTGXCAXCXGCAGCGAGAACTXCAACGXXXGCCAAAXCAAGCCAATGXGGXAACAACCACACC
>/kingdoms/rce/workspace1/Nanopore/20180223-run9/RawData/BC-BD-chr10/i0013771_20180416_FAH66366_MN19358_sequencing_run_1042_63976_read_55042_ch_362_strand.fast5_template_deepnano {'mapped_end': 202484, 'num_matches': 12382, 'mapped_strand': '-', 'clipped_bases_end': 33, 'num_insertions': 442, 'mapped_start': 189194, 'mapped_chrom': 'chr10', 'num_mismatches': 461, 'clipped_bases_start': 20, 'num_deletions': 447} 
XGAXXXTAATGXTAAAXCGAXAGXACCAAGXCXXTTGTTGTAXACXAGAXCCAXXCCXAATATAXCTGTAXCGAGXACAXCGXCTAXXAATGXXCCTGXAAXXXXCAGXXCAAAAXXACXXXXCAAXTBGXXTAXGAAXXCAXCCAAXCXCTGXXCAXXGCXXGCCGCAAXXACGCAGXCAXCAACAXAGACXGCAAXCAXXAGAXXXXBAXCCXCGGXXXGGTAXAAXCCCGGAGTAXAAGAGXXATCXXXCAGXCCAAXXCCAXXCAAGTATTGTCXXAGAXGAXCAXXCCAXTCXXXAGGACXCTGXXXXAGACCATAXAACGCCXTAXXXAGCXXGACXACACAXCXCCXAXCAXGCGGATGXGGGATGTATAXXBCTTCTXCCAAXXXAGCATAXAGGAAXGCAXGAXXGA
...

Второй фаст reads.fasta_values содержит последовательность значений, разделенных пробелом, которые соответствуют последовательности ДНК reads.fasta (в том же порядке)

>/kingdoms/rce/workspace1/Nanopore/20180223-run9/RawData/BC-BD-chr10/i0013771_20180416_FAH66366_MN19358_sequencing_run_1042_63976_read_126980_ch_412_strand.fast5_template_deepnano
0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03
>/kingdoms/rce/workspace1/Nanopore/20180223-run9/RawData/BC-BD-chr10/i0013771_20180416_FAH66366_MN19358_sequencing_run_1042_63976_read_55042_ch_362_strand.fast5_template_deepnano
0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09
...

Я хочу получить несколько пар небольших файлов.

В настоящее время я попытался соединить их, а затем разделить, но это разбивает только первый файл пары.

Channel
    .fromFilePairs("reads{.fasta,.fasta_values}", flat:true)
    .splitFasta(by: 1, file:true)
    .println()

Выход:

[reads, reads.1.fasta, reads.fasta_values]
[reads, reads.2.fasta, reads.fasta_values]
[reads, reads.3.fasta, reads.fasta_values]

Пока хочу что то подобное

[reads, reads.1.fasta, reads.1.fasta_values]
[reads, reads.2.fasta, reads.2.fasta_values]
[reads, reads.3.fasta, reads.3.fasta_values]

Я думаю, что нечто подобное можно сделать с fastq файлы для чтения парным концом, но я не мог узнать, как это сделать с fasta файлы.

Любая помощь приветствуется,
Благодарю.

Answer 1

Хорошо, я нашел это, просто нужен аргумент elem в splitFasta

Channel
    .fromFilePairs("reads{.fasta,.fasta_values}", flat:true)
    .splitFasta(by: 1, file:true, elem:[1,2])
    .println()