Извлечение координат и типов атомов из объекта структуры pymatgen

Question

Каков синтаксис для извлечения списка атомных координат, [[x1, y1, z1], [x2, y2, z2], ...] и списка атомных видов, например. [1,1,1,1,...] из объекта структуры pymatgen?

Answer 1

Импортировать объект структуры из pymatgen

from pymatgen import Structure

прочитать структуру cif из файла.cif

structure_from_cif = Structure.from_file('mp-773116La20S29O.cif')

получить координаты

cartesian_coords = structure_from_cif.cart_coords

чтобы получить вид, вы можете сделать следующее

for i in structure_from_cif.species:
    print(i)

Answer 2

Это довольно старый вопрос, но если вам (или кому-то еще) нужен ответ, он будет следующим:

from pymatgen.core.structure import Structure, Lattice

structure = Structure(lattice, atoms, coords)#some structure

coordinates = []
species = []

for s in structure:
        coordinates.append(s.coords) #cartesian coordinates
        #coordinates.append(s.frac_coords) #would give fractional coordinates instead
        species.append(s.specie.Z)
        #species.append(s.specie) #would give strings (e.g. "Fe") instead of atomic number

print(coordinates)
print(species)