Каков наилучший способ управления / сохранения результатов из posthoc.krukal.dunn.test() или dunn.test() - где мои входные данные находятся в формате данных?
Я новичок в программировании на R и ищу помощь в анализе данных метаболомики - 118 метаболитов с 4 состояниями (3 повторения на условие). Я хотел бы знать, для каждого метаболита, какие условия значительно отличаются от каких. Вот часть моих данных
> head(mydata)
Conditions HMDB03331 HMDB00699 HMDB00606 HMDB00707 HMDB00725 HMDB00017 HMDB01173
1 DMSO_BASAL 0.001289121 0.001578235 0.001612297 0.0007772231 3.475837e-06 0.0001221674 0.02691318
2 DMSO_BASAL 0.001158363 0.001413287 0.001541713 0.0007278363 3.345166e-04 0.0001037669 0.03471329
3 DMSO_BASAL 0.001043537 0.002380287 0.001240891 0.0008595932 4.007387e-04 0.0002033625 0.07426482
4 DMSO_G30 0.001195253 0.002338346 0.002133992 0.0007924157 4.189224e-06 0.0002131131 0.05000778
5 DMSO_G30 0.001511538 0.002264779 0.002535853 0.0011580857 3.639661e-06 0.0001700157 0.02657079
6 DMSO_G30 0.001554804 0.001262859 0.002047611 0.0008419137 6.350990e-04 0.0000851638 0.04752020
Это то, что я до сих пор.
Я узнал первую строчку из этого поста
kwtest_pvl = apply(mydata[,-1], 2, function(x) kruskal.test(x,as.factor(mydata$Conditions))$p.value)
и вот где я прохожу через метаболит, который прошел тест KW
tCol = colnames(mydata[,-1])[kwtest_pvl <= 0.05]
for (k in tCol){
output = posthoc.kruskal.dunn.test(mydata[,k],as.factor(mydata$Conditions),p.adjust.method = "BH")
}
Я не уверен, как управлять своим output такой, что легче управлять всеми метаболитами, прошедшими тест KW. Возможно, сохраняя результат каждой итерации, добавляя к Excel? Я также попробовал пакет dunn.test, так как у него есть опция вывода таблицы или списка. Тем не менее, это все еще оставляет меня в той же точке. Вроде застрял здесь.
Кроме того, я должен также выполнить какое-то настроенное значение p, то есть FWER, FDR, BH сразу после теста KW - перед выполнением теста posthoc?
Любые предложения будут ценны.