Увеличение max.print не всегда работает в R, равно как и глобальные параметры для lsmeans()

Question

Половину времени без шаблона я не вижу строк в выводе, хотя я увеличиваю max.print и глобальные параметры в R studio. Подробности ниже:

Я запускаю модель lmer для больших наборов данных (более 100 000 наблюдений 14 переменных) с пакетами: lme4, lmerTest, tidyverse, lsmeans

У меня есть несколько наборов данных, которые я запускаю отдельно, но наборы данных не отличаются друг от друга по дизайну, и все они происходят из одного и того же набора исходных данных. Я просто удалил определенные строки в каждом наборе данных, чтобы ответить на разные вопросы. Переменные в каждом наборе данных включают час, местоположение, дату, глубину, температуру и преобразованную глубину, чтобы соответствовать предположениям.

Почему-то после того, как я запустил функцию lsmeans() для получения парных сравнений, в половине случаев пропущены строки: [достигаемый getOption("max.print") - пропущено 110 строк]

пример кода:

ft.model = lmer(dep.variable ~ fixed.factor + (1|random.factor), data = dataset)

anova(ft.model)

plot(ft.model, main = "residuals/fitted ft.model")

lsmeans(ft.model, pairwise~fixed.factor, adjust = "Tukey", max.print = 9999)

Так выглядит это с некоторыми из моих переменных:

ft.hrdepth = lmer(depth ~ hr + (1|FishID), data = all)

anova(ft.hrdepth)

plot(ft.hrdepth, main = "residuals/fitted ft.hrdepth")

lsmeans(ft.hrdepth, pairwise~hr, adjust = "Tukey", max.print = 9999)

Я попытался добавить аргумент max.print и увеличить его до 10000, 10000000, 9999, 99999999, Inf и других комбинаций. Я также вошел в настройки RStudio и изменил предел отображаемых строк на аналогичные номера: Инструменты> Глобальные параметры> Код> Показать> Предельная длина отображаемых в консоли строк: 1000000

Я также превратил lsmeans в объект и использовал функцию print(), чтобы напечатать вывод или просто контрасты, но все же не повезло:

pws = lsmeans(ft.model, pairwise~fixed.factor, adjust = "Tukey", max.print = 9999)

print(pws)

pwss = pws[[contrasts]]

print(pwss)

Я неоднократно пробовал с одним и тем же точным набором данных и разными наборами данных, и не вижу абсолютно никаких примеров того, почему он иногда пропускает строки, а иногда не пропускает строки.

У меня нет исправлений для просмотра вывода lsmeans в консоли или в нижней части файла R Markdown, который у меня есть. (Обратите внимание, я также получаю тот же результат, когда я использую файл сценария R вместо файла разметки R = только половину времени, когда я получаю все строки). Пожалуйста помоги! Единственный способ, которым я могу гарантировать просмотр всех строк, - экспортировать контрастные результаты lsmeans в файл csv, что крайне неэффективно и бесполезно, так как я также в идеале связываю все свои результаты в одном документе:

pws = lsmeans(ft.model, pairwise~fixed.factor, adjust = "Tukey", max.print = 9999)

pwss = pws[[contrasts]]

write.csv(pwss,file = "pwss.csv")

К вашему сведению, я использую RStudio версии 1.1.419 и R i386 3.4.3 Мой компьютер - 64-разрядная операционная система HP Windows 10 Pro

пример набора данных:

структура (список (X = c(1L, 15L, 20L, 26L, 35L, 44L, 55L, 66L, 77L, 88L, 99L, 1111L, 44444L, 77777L, 8888L, 999L, 2222L, 4444L, 55555L, 66666L, 777L, 88888L, 99999L, 11111L, 57890L, 23456L, 9675L, 129873L, 22222L, 333L, 5555L, 123434L, 98844L, 88833L, 77744L, 66655L, 55544L, 44433L, 33322L, 2221111, 13L11, 111111, 13L1111 161111L, 123111L, 33444L, 5566L, 6677L, 9988L, 33888L, 87878L, 148483L, 139847L, 34231L, 34200L), OrigDate = структура (c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 12L, 16L, 6L, 1L, 2L, 3L, 13L, 15L, 1L, 18L, 19L, 8L, 14L, 10L, 23L, 9L, 1L, 4L, 22L, 19L, 18L, 16L, 15л, 13л, 12л, 11л, 9л, 24л, 20л, 21л, 23л, 25л, 27л, 28л, 22л, 11л, 4л, 5л, 7л, 11л, 17л, 26л, 25л, 11л, 11л), лейбл = c ("01.10.2012", "02.10.2012", "10.03.2012", "04.10.2012", "05.10.2012", "06.10.2012", "10/07/2012", "08.10.2012", "14.10.2012", "15.10.2012", "21.10.2012", "27.10.2012", " 02.11.2012 "," 03.11.2012 "," 08.11.2012 "," 15.11.2012 "," 19.11.2012 "," 20.11.2012 ", "25.11.2012", "29.11.2012", "12.03.2012", "12.04.2012", "12.08.2012", "12.12.2012", "12 / 13/2012 "," 17.12.2012 "," 18.12.2012 "," 23.12.2012 "), class = "factor"), OrigTime = структура (c (1L, 5L, 6L, 8л, 9л, 11л, 13л, 18л, 22л, 25л, 27л, 32л, 47л, 3л, 2л, 52л, 33л, 40л, 39л, 21л, 45л, 48л, 7л, 28л, 14л, 16л, 55л, 23л, 44л, 49л, 19л, 30л, 24л, 41л, 15л, 29л, 42л, 20л, 10л, 17л, 26л, 31л, 38л, 56л, 36л, 50л, 43л, 57л, 51л, 46л, 35л, 12л, 37L, 54L, 34L, 58L, 53L), .Label = c("00:03:39", "00:10:58", "00:31:07", "00:41:09", "01: 24: 09 "," 01:48:18 "," 02:10:49 "," 02:17:49 "," 03:33:44 "," 04:41:53 "," 04:47: 35 "," 05:13:35 "," 05:52:04 "," 06:04:16 "," 06:27:49 "," 06:45:23 "," 06:57:49 "," 07:03:07 "," 07:03:26 "," 07:19:39 "," 07:25:02 "," 08:12:43 "," 08:37:03 ", "08:44:48", "09:27:02", "09:30:58", "10:41:49", "10:52:47", "11:09:06", "11: 10: 01 "," 11:12:46 "," 11:15:04 "," 11:34:46 "," 11:59:42 "," 12:02:58 "," 12:36: 34 "," 12:39:42 "," 13:20:47 "," 13:45:05 "," 13:50:05 "," 13:51:44 "," 14:04:15 "," 14:47:51 "," 14:51: 57 "," 15:23:14 "," 15:37:53 "," 15:49:09 "," 16:08:00 "," 16:10:44 "," 16:37:25 ", "17:34:17", "18:17:16", "19:34:03", "20:23:36", "20:40:22", "21:20:51", " 21:27:49 "," 22:44:33 "), class = "factor"), OrigDateTime = структура (c (1L, 3L, 4L, 9L, 10L, 11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 5L, 6L, 26L, 35L, 31L, 8L, 19L, 27L, 39L, 47L, 2L, 40L, 43L, 34L, 45L, 18L, 33L, 58L, 17L, 7L, 28L, 56L, 42L, 41L, 36L, 46L, 38L, 25L, 24L, 16L, 48L, 44L, 54L, 57L, 50L, 52L, 53L, 55L, 21L, 29L, 30L, 32L, 23L, 37L, 51L, 49L, 22L, 20L). ("01.10.2012 0:03:39", "01.10.2012 0:41:09", "01.10.2012 1:24:09", "01.10.2012 1:48: 18 "," 01.10.2012 10:41:49 "," 01.10.2012 11:15:04 "," 01.10.2012 14:51:57 "," 01.10.2012 18: 17:16 "," 01.10.2012 2:17:49 "," 01.10.2012 3:33:44 "," 01.10.2012 4:47:35 "," 01.10.2012 5:52:04 "," 01.10.2012 7:03:07 "," 01.10.2012 8:12:43 "," 01.10.2012 9:27:02 "," 14.10 / 2012 4:41:53 "," 14.10.2012 8:37:03 "," 15.10.2012 6:04:16 "," 02.10.2012 11:34:46 "," 10 / 21/2012 19:34:03 "," 21.10.2012 21:27:49 "," 21.10.2012 22:44:33 "," 21.10.2011 2 5:13:35 "," 21.10.2012 7:19:39 "," 27.10.2012 14:04:15 "," 27.10.2012 15:49:09 "," 10 / 3/2012 13:50:05 "," 04.10.2012 16:10:44 "," 04.10.2012 17:34:17 "," 05.10.2012 15:37:53 "," 06.10.2012 0:10:58 "," 07.10.2012 12:02:58 "," 07.10.2012 6:45:23 "," 08.10.2012 2:10:49 ", "15.11.2012 0:31:07", "15.11.2012 13:51:44", "19.11.2012 12:39:42", "02.11.2012 11:09: 06 "," 02.11.2012 13:45:05 "," 20.11.2012 15:23:14 "," 20.11.2012 8:44:48 "," 25.11.2012 11: 10:01 "," 25.11.2012 16:08:00 "," 29.11.2012 9:30:58 "," 03.11.2012 10:52:47 "," 08.11.2012 6:27:49 "," 08.11.2012 7:25:02 "," 10.12.2012 6:57:49 "," 13.12.2012 11:59:42 "," 12/13 / 2012 21:20:51 "," 17.12.2012 20:23:36 "," 18.12.2012 12:36:34 "," 23.12.2012 16:37:25 "," 12 / 3/2012 11:12:46 "," 04.12.2012 14:47:51 "," 04.12.2012 7:03:26 "," 08.12.2012 13:20:47 ", "12/8/2012 20:40:22"), класс = "фактор"), TimeSerial = с (41183,0025347222, 41183,0584375, 41183,0752083333, +41183,0957060185, +41183,1484259259, 41183,1997106482, +41183,2444907407, +41183,2938310185, 41183,3421643519, +41183,3937731481, +41183,4457060185, +41183,4687962963, +41209,6591319444, 41228,0216087963, 41188,0076157407, +41183,7619907407, +41184,4824768519, 41185,5764467593, 41215,572974537, +41221,3090509259, 41183,0285763889, +41233,6411342593, 41238,6722222222, +41190,0908449074, +41216,4533217593, +41197,252962963, 41189,2815162037, +41251,8613657407, +41196,3590625, 41183,6194097222, +41186,6741203704, +41247,2940509259, +41238,4652893519, 41233,3644444444, +41228,5775925926, 41221,2693171296, +41215,4646527778, +41209,5862847222, 41203,3053125, +41196,1957523148, 41253,290150463, +41242,3965046296, +41246,4671990741, 41251,556099537, 41256,8894791667, 41261,5253935185, +41266,6926504629, +41247,6165625, 41203,8943171296, +41186,7321412037, +41187,6513078704, 41189,5020601851, 41203,2177662037, +41232,5275694444, +41260,8497222222, 41256,4997916667, 41203,9476041667, 41203,8153125), DateNum = с (41183L, 41183L, 41183L, 41183L, 41183L, 41183L, 41183L, 41183L, 41183L, 41183L, 41183L, 41209L, 41228L, 41188L, 41183L, 41184L, 411 85L, 41215L, 41221L, 41183L, 41233L, 41238L, 41190L, 41216L, 41197L, 41189L, 41251L, 41196L, 41183L, 41186L, 41247L, 41238L, 41233L, 41228L, 41228L, 4L12, 41212, 41212L4 41246L, 41251L, 41256L, 41261L, 41266L, 41247L, 41203L, 41186L, 41187L, 41189L, 41203L, 41232L, 41260L, 41256L, 41203L, 41203L), TimeNum = с (0,0025347222, 0,0584375, 0,0752083333, 0,0957060185, 0,1484259259, 0,1997106482, 0,2444907407, 0,2938310185, 0,3421643519, 0,3937731481, 0,4457060185, 0,4687962963, 0,6591319444, 0,0216087963, 0,0076157407, 0,7619907407, 0,4824768519, 0,5764467593, 0,572974537, 0,3090509259, 0,0285763889, 0,6411342593, 0,6722222222, 0,0908449074, 0,4533217593, 0,252962963, 0,2815162037, 0,8613657407, 0,3590625, 0,6194097222, 0,6741203704, 0,2940509259, 0,4652893519, 0,3644444444, 0,5775925926, 0,2693171296, 0,4646527778, 0,5862847222, 0,3053125, 0,1957523148, 0,290150463, 0,3965046296, 0,4671990741, 0,556099537, 0,8894791667, 0,5253935185, 0,692650463, 0,6165625, 0,89431 71296, 0,7321412037, 0,6513078704, 0,5020601852, 0,2177662037, 0,5275694444, 0,8497222222, 0,4997916667, 0,9476041667, 0,8153125), глубина = с (19.34, 19.34, 19.12, 18.46, 19.34, 19.34, 19.34, 19.12, 18.9, 19.12, 18.02, 20.88, 21.1 20,44, 20,22, 20,44, 17,36, 18,9, 20, 17,8, 18,9, 17,36, 19,34, 16,92, 20,22, 20,22, 20, 9,89, 19,56, 18,68, 20, 11,9, 20,22, 19,56, 21,1, 16,7, 20, 21,1, 19,56, 16,92, 20,22, 18,24, 17,36, 20,66, 10,3, 20,88, 19,34, 21,32, 16,26, 17,58, 18,46, 20, 18,46, 17,58, 9,45, 10,8, 18,68, 18,46), FishID = c(5593L, 5593L, 5593L, 5593L, 5593L, 5593L, 5593L, 5593L, 5593L, 5593L, 5593L, 7510L, 7513L, 7508L, 7510L, 7509L, 7501L, 7508L, 7511L, 5593L, 7508L, 7501L, 5593L, 7502L, 7513L, 7501L 5593л, 7508л, 6747л, 7501л, 7514л, 5593л, 7501л, 7505л, 5593л, 7511л, 7513л, 5593л, 75047л, 7510л, 7512л, 7509л, 7508л, 7501л, 7496л, 7510л, 5593л, 7501л, 7501л 7502L, 7514L, 5593L, 5593L, 7508L, 7508L), расположение = структура (c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = "PM", class = "factor"), Temp = c(28,7, 28,7, 28,7, 28,7, 28,7, 28,7, 28,7, 28,6, 28,6, 28,6, 28,6, 28,6, 27, 24,1, 28, 28,6, 28,6, 28,2, 25,3, 25,8, 28,7, 22,6, 22,7, 27,5, 25,5, 27,6, 27,7, 22,5, 27,8, 28,6, 27,9, 21,6, 22,6, 22,6, 23,7, 26, 25,7, 27, 27,9, 27,8, 22,7, 22, 21,7, 22,4, 20,8, 21,4, 21,8, 21,6, 27,8, 28, 27,8, 27,7, 27,9, 22,6, 21,6, 20,7, 27,8, 27,7), hr = структура (c(1L, 2L, 2L, 3L, 4L, 5L), 6л, 8л, 9л, 10л, 11л, 12л, 16л, 1л, 1л, 19л, 12л, 14л, 14л, 8л, 1л, 16л, 17л, 3л, 11л, 7л, 7л, 21л, 9л, 15л, 17л, 8л, 12л, 9л, 14л, 7л, 12л, 15л, 8л, 5л, 7л, 10л, 12л, 14л, 22л, 13л, 17л, 15л, 22л, 18л, 16л, 13л, 6л, 13л, 21л, 12л, 23L, 20L), .Label = c("01:00:00", "02:00:00", "03:00:00", "04:00:00", "05:00:00", "06:00:00", "07:00:00", "08:00:00", "09:00:00", "10:00:00", "11:00:00", "12:00:00", "13:00:00", "14:00:00", "15:00:00", "16:00:00", "17:00:00", "18:00:00", "19:00:00", "20:00:00", "21:00:00", "22:00:00", "23:00:00"), класс = "фактор"), sqrtdepth = с (4.3977266854592, 4.3977266854592, 4.37264222181509, 4.29651021178817, 4.3977266854592, 4.3977266854592, 4.3977266854592, 4.37264222181509, 4.34741302385683, 4.37264222181509, 4.24499705535823, 4.56946386351834, 4.59347363114234, 4.52106182218293, 4.49666543118342, 4.52106182218293, 4.16653333119993, 4.34741302385683, 4.47213595499958, 4.2190046219458, 4.34741302385683, +4,16653333119993, +4,3977266854592, +4,11339276024063, +4,49666543118342, +4,49666543118342, +4,47213595499958, +3,14483703870328, +4,4226688774992, +4,32203655699486, +4,47213595499958, +3,44963766213207, +4,49666543118342, +4,4226688774992, +4,59347363114234, +4,08656334834051, +4,47213595499958, +4,59347363114234, +4,4226688774992, +4,11339276024063, +4,49666543118342, +4,27083130081252, +4,16653333119993, +4,5453272709454, +3,20936130717624, +4,56946386351834, 4.3 977266854592, +4,61735855224608, +4,03236903073119, +4,19285105864733, +4,29651021178817, +4,47213595499958, +4,29651021178817, +4,19285105864733, +3,07408522978788, +3,286335345031, +4,32203655699486, +4,29651021178817), sqdepth = с (374.0356, 374.0356, 365.5744, 340.7716, 374.0356, 374.0356, 374.0356, 365.5744, 357.21, 365.5744, 324.7204, 435,9744, 445,21, 417,7936, 408,8484, 417,7936, 301,3696, 357,21, 400, 316,84, 357,21, 301,3696, 374,0356, 286,2864, 408,8484, 408,8484, 400, 97,8121, 382,5936, 40,88,88,88,88, 28, 40,80,84,80, 288, 28, 28, 28, 28, 28, 28, 28, 40, 28, 28, 40, 28, 28, 40, 28, 40, 28, 40, 28, 40, 28, 40, 28, 28, 40, 40, 8, 28, 40, 28, 28, 40, 40, 8, 28, 4, 38, 5, 9, 38, 5, 8, 48, 4, 40, 8, 48, 4, 40, 8, 48, 4, 40, 8, 8, 48, 40, 8, 8, 28, 28, П, 8, ПБ, 400, 445,21, 382,5936, 286,2864, 408,8484, 332,6976, 301,3696, 426,8356, 106,09, 435,9744, 374,0356, 454,5424, 264,3876, 309,0564, 340,7716, 400, 340,7716, 309,05, 340, 340, 68,64, 68,64, 96,64, 68,64, 96,64, 68,64, 0,64, 0,64, 0,64, 0,64, 0, 6, 0, 6, 0, 6, 0, 26, 0, 26, 0, 25, сс. 7233.848504, 7233.848504, 6989.782528, 6290.643736, 7233.848504, 7233.848504, 7233.848504, 6989.782528, 6751.269, 6989.782528, 5851.461608, 9103.145472, 9393.931, 8539.701184, 8266.914648, 8539.701184, 5231.776256, 6751.269, 8000, 56 39,752, 6751,269, +5231,776256, 7233,848504, +4843,965888, 8266,914648, 8266,914648, 8000, 967,361669, 7483,530816, 6518,244032, 8000, 1685,159, 8266,914648, 7483,530816, 9393,931, 4657,463, 8000, 9393,931, +7483,530816, 4843,965888, 8266,914648, +6068,404224, +5231,776256, 8818,423496, 1092.727, 9103.145472, 7233.848504, 9690.843968, 4298.942376, 5433.211512, 6290.643736, 8000, 6290.643736, 5433.211512, 843.908625, 1259.712, 6518.244032, 6290.643736), класс =).

Я хотел бы любой вклад!

Answer 1

Вы должны указать max.print вариант с

options('max.print' = 100000)   # or whatever value you want
getOption('max.print')
[1] 100000

Когда вы делаете lsmeans(stuff, max.print = 10000)вы фактически передаете аргумент (не вариант) max.print для других функций в emmeans пакет. Вот что подразумевается под ... аргумент в пользу lsmeans (увидеть ?lsmeans::lsmeans). Без разницы max.print передается в этом случае не меняет значение в getOption('max.print'), Вы могли бы также lsmeans(stuff, some_random_arg = 'whatever i want') и не возвращать никаких ошибок, но совершенно бессмысленно.

Вы можете перенести изменение из сеанса в сеанс, изменив свой Rprofile. Этот вопрос и этот вопрос могут помочь вам двигаться в правильном направлении, поэтому вам не нужно постоянно менять max.print опция каждый раз, когда вы начинаете новую сессию R. Может быть альтернативный способ сделать это через RStudio, но я недостаточно знаком с платформой, чтобы помочь с этим.