system2 не сохраняет вывод командной строки Java в файловую систему, создается только вывод в консоли
Я пытаюсь запустить приложение Java (beagle2vcf) из R.
Я пробовал с system() но никакие прогоны не выполняются, только помощь функции возвращается в консоли R. Но когда я копирую ту же команду в мой cmd консоль бег выполняется.
Тогда я пытаюсь с system2() и только вывод в консоли создается, но мне нужен файл в моей файловой системе.
Я использую stdout параметр, но это не похоже на работу.
Возможно, тот факт, что приложение Java использует ">output" генерировать файлы играет роль? Другие приложения Java, которые не имеют этот синтаксис для вывода результатов, работают нормально с system(),
Пример использования команды system():
"java -jar beagle2vcf.jar 1 OneChrom.markers beagleTrain.bgl NA Chrom1Train.vcf"
пример system2 вызов:
system2(command="java",args=c("-jar","beagle2vcf.jar", j,"OneChrom.markers","beagleTrain.bgl","NA"),stdout=outnameTrainVCF,invisible=TRUE)
Я запускаю R3.5.0 на машине с Windows 10
Вывод должен быть vcf-файл в моей файловой системе.