Проблема OpenBLAS с функцией ComBat() пакета SVA R Bioconductor в кластере Torque

Question

У меня проблема с функцией ComBat() из пакета SVA Bioconductor в R.

На моем ноутбуке (Latitude 5590 под управлением операционной системы Linux Ubuntu 18) он работает хорошо. Но если я запускаю его в кластере TORQUE, вызов функции ComBat() создает бесконечный цикл ожидания:

"ComBat()" Найдено 25 пакетов

Примечание: у одной партии есть только один образец, значение mean.only=TRUE

Корректировка для 0Covariate(s) или ковариатного уровня (ов)

Стандартизация данных по генам

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: ресурс временно недоступен

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 ток, 903725 макс.

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: ресурс временно недоступен

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 ток, 903725 макс.

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: ресурс временно недоступен

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 ток, 903725 макс.

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: ресурс временно недоступен

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 ток, 903725 макс.

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: ресурс временно недоступен

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 ток, 903725 макс.

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: ресурс временно недоступен

Вы знаете, как я могу это исправить?

Я проверил онлайн, и некоторые люди уже имели эту проблему, которая связана с Python. Это звучит странно для меня: если это проблема с Python, почему она появляется в R?

Спасибо

Answer 1

Мой коллега (вне Stackru) помог мне и нашел решение.

Мне нужно было вставить эту команду в мой скрипт R:

Sys.setenv(OPENBLAS_NUM_THREADS="1")

Это было это.