Ошибка установки pysam вручную: "ImportError: нет версии модуля с именем"

Question

Я пытаюсь установить pysam вручную, так как я работаю в кластере без подключения к интернету, и у меня нет прав администратора (таким образом, сделать это через conda невозможно, что я пробовал). Я загрузил все заархивированные файлы из репозитория разработчика ( https://github.com/pysam-developers/pysam/archive/master.zip), а затем перенес их в свой каталог в кластере.

Я пробовал ручную установку из разархивированного репозитория, запустив (как указано в инструкциях https://github.com/pysam-developers/pysam/blob/master/INSTALL):

python path/to/pysam-master/setup.py build

Но я получаю следующую ошибку:

# pysam: cython is available - using cythonize if necessary
Traceback (most recent call last):
  File "path/to/pysam-master/setup.py", line 166, in <module>
    import version
ImportError: No module named version

Строки 165, 166 и 167 в файле setup.py:

165. sys.path.insert(0, "pysam")
 166. import version
 167.version = version.__version__

К сожалению, мои знания забрали меня только так далеко. Нужно ли изменять файл setup.py?

Мои системные характеристики:

• Python 2.7.13:: Анаконда, Инк
• CentOS релиз 6.5
• Linux 2.6.32-431.20.5.el6.x86_64

Answer 1

version.py находится в пути / к /pysam-master/pysam. Скрипт использует модуль os для добавления каталога pysam в рабочий каталог среды перед импортом:

sys.path.insert(0, "pysam")

Таким образом, эта конкретная проблема должна быть решена путем замены "pysam" в

sys.path.insert(0, "pysam")

с полным путем к pysam-каталогу.