Как преобразовать молекулу из графического представления в RDKit Mol

Я работаю над проектом Python с участием молекул, и пока я представляю молекулы в виде графиков. У меня есть три разных массива, описывающих каждый граф: двоичная матрица смежности, массив, хранящий атомный номер каждого атома в молекуле, и матрица, хранящая тип связей между атомами. я представляю только тяжелые атомы на графиках, поэтому никаких водородов.

Я ищу способ проверить действительность молекул, и я пытался использовать функцию SanitizeMol RDKit для этого. Есть ли простой способ конвертировать граф в объект Mol?

У меня также есть функции для преобразования моего формата NumPy в график Networkx, но я не могу найти какой-либо способ сделать следующий шаг (nx в RDKit).

Я пытался использовать EditablMol, чтобы построить Мол вручную, но тогда отсутствие водородов на графиках вызывает некоторые проблемы с валентностью нескольких атомов. Я немного застрял, любая помощь приветствуется.

Спасибо

Источник

1 ответ

Решение

Смотрите ответ ниже вместе со ссылками внизу nx_to_rdkit функции
УЛЫБКИ от графа

Источник
Другие вопросы по тегам