Удаление узлов с неконечными весами ребер на графиках при использовании пакета qgraph в R

Question

Я хочу видеть отношения в моих данных в сети и для этого использовал пакет qgraph, мои данные, комбинированные.данные, используются. Корреляция моих данных, которые я передал в качестве входных данных, имеет много значений NA. Команда, которую я использовал для получения сетевого графика:

   qgraph(cor(combined.data, method="spearman"),layout="spring", groups=gr, labels=nm, 
   label.scale=FALSE, label.cex=1) 
   # I chose spearman because the data variables are on ordinal scale

gr - список групп, nm - вектор, содержащий теги / метки узлов. Команда работает хорошо, но приходит с предупреждением

  Warning message:
  In qgraph(cor(combined.data, method = "spearman"), layout = "spring",  :
  Non-finite weights are omitted

В сети много пустых ребер (не конечных весов), и я хочу удалить узлы с не конечными весами. Я попытался установить минимальный и максимальный аргументы, но он все еще подходит для этих избыточных узлов. Любое предложение о том, как этого добиться, будет оценено.

Answer 1

Возможно, у вас отсутствуют данные, ведущие к NA в матрице корреляции? Я всегда использую cor(combined.data, method="spearman", use = "pairwise.complete.obs") который не дает NA корреляции.

В качестве альтернативы проще всего изменить ввод:

foo <- cor(combined.data, method="spearman")
foo[!is.finite(foo)] <- 0
qgraph(foo)