Нераспознанный вариант: я picard.jar

Я пытаюсь преобразовать файл BMA в формат FASTQ, используя picard.jar. Это моя команда:

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ I=chr2chr3.bam \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq

Однако я получил это сообщение об ошибке:

ОШИБКА: Нераспознанный вариант: I

Я полностью сбит с толку, Есть мысли?

Источник

2 ответа

Решение

Удалить обратную косую черту

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq  I=chr2chr3.bam  FASTQ=chr2chr3.f1.fastq  SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq

нота:

  • Вы можете сжать fastqs, игнорируя небольшие ошибки в BAM

    java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq I = chr2chr3.bam FASTQ = chr2chr3.f1.fastq.gz SECOND_END_FASTQ = chr2chr3.f2.fastq.gz VALIDATION_STRINGENCY = LENIENT

  • по вопросам биоинформатики лучше задать https://www.biostars.org/ или http://seqanswers.com/forums/search.php?do=getnew

Источник

Попробуйте с:

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ 'I=chr2chr3.bam' \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq
Источник
Другие вопросы по тегам