texreg в Rmarkdown/knitr
Простой вопрос: могу ли я использовать texreg в документе уценки (не LaTex) в Rmarkdown, используя knitr?
Я думал, что смогу, но, похоже, я не прав? Я могу включить код LaTex в Rmarkdown для уравнений, но безуспешно для таблиц с texreg (по крайней мере, когда оставшийся документ написан в уценке.
Я получаю эту ошибку:
pandoc document conversion failed with error 43
Независимо от того, использую ли я texreg() (для LatTex), htmlreg(), или же screenreg()Я не получаю приличную таблицу в связанном документе PDF.
---
title: "Title"
fontsize: 12pt
output:
pdf_document:
latex_engine: xelatex
---
Затем пытаемся разработать таблицу:
```{r Table_with_texreg, results="asis"}
library(texreg)
modellist = list(model1, model2, model3, model4, model5)
texreg(modellist, type = 'un',
summaries = c('ChiSqM_Value', 'ChiSqM_DF', 'ChiSqM_DF', 'ChiSqM_PValue', 'CFI',
'RMSEA_Estimate'), single.row=TRUE)
(Некоторые из аргументов после texreg() команды для MplusAutomation пакет, указывающий, какие параметры (нестандартные) и какая модель соответствуют используемым индексам. Не должно иметь никакого значения для вопроса / поста.)
Это код LaTex, сгенерированный при вязании, что приводит к ошибке покрытия 43:
\begin{tabular}{l c c c c c }
\hline
& Model 1 & Model 2 & Model 3 & Model 4 & Model 5 \\
\hline
DISCRIM$<$-AGEA & $-0.00 \; (0.00)^{***}$ & $-0.01 \; (0.00)^{***}$ & $-0.01 \; (0.00)^{***}$ & $-0.00 \; (0.00)^{***}$ & $-0.01 \; (0.00)^{***}$ \\
DISCRIM$<$-GNDR & $0.05 \; (0.02)^{**}$ & $0.07 \; (0.02)^{***}$ & $0.09 \; (0.02)^{***}$ & $0.03 \; (0.02)^{*}$ & $0.07 \; (0.02)^{***}$ \\
DISCRIM$<$-MINORITY & $0.14 \; (0.04)^{***}$ & $0.17 \; (0.04)^{***}$ & $0.13 \; (0.04)^{***}$ & $0.19 \; (0.04)^{***}$ & $0.19 \; (0.04)^{***}$ \\
PDJSEX\_R$<$-AGEA & $-0.01 \; (0.00)^{***}$ & & & $-0.01 \; (0.00)^{***}$ & \\
PDJSEX\_R$<$-GNDR & $0.38 \; (0.03)^{***}$ & & & $0.38 \; (0.03)^{***}$ & \\
PDJSEX\_R$<$-MINORITY & $0.11 \; (0.04)^{**}$ & & & $0.11 \; (0.04)^{**}$ & \\
PDJETN\_R$<$-AGEA & $-0.00 \; (0.00)^{***}$ & & $-0.00 \; (0.00)^{***}$ & & \\
PDJETN\_R$<$-GNDR & $-0.02 \; (0.02)$ & & $-0.02 \; (0.02)$ & & \\
PDJETN\_R$<$-MINORITY & $0.94 \; (0.08)^{***}$ & & $0.93 \; (0.08)^{***}$ & & \\
PREDJ\_R$<$-DISCRIM & $1.00 \; (0.00)$ & $1.00 \; (0.00)$ & $1.00 \; (0.00)$ & $1.00 \; (0.00)$ & $1.00 \; (0.00)$ \\
LKRSP\_R$<$-DISCRIM & $1.05 \; (0.01)^{***}$ & $1.08 \; (0.01)^{***}$ & $1.08 \; (0.01)^{***}$ & $1.08 \; (0.01)^{***}$ & \\
TRTBD\_R$<$-DISCRIM & $1.02 \; (0.01)^{***}$ & $1.05 \; (0.01)^{***}$ & $1.05 \; (0.01)^{***}$ & $1.05 \; (0.01)^{***}$ & \\
PDJSEX\_R$<$-$>$DISCRIM & $0.74 \; (0.02)^{***}$ & & & $0.76 \; (0.02)^{***}$ & \\
PDJETN\_R$<$-$>$DISCRIM & $0.62 \; (0.02)^{***}$ & & $0.66 \; (0.02)^{***}$ & & \\
PDJETN\_R$<$-$>$PDJSEX\_R & $0.78 \; (0.02)^{***}$ & & & & \\
PREDJ_R$1<-Thresholds & $0.19 \; (0.10)^{*}$ & $0.19 \; (0.10)^{*}$ & $0.18 \; (0.10)$ & $0.18 \; (0.10)$ & $0.18 \; (0.10)$ \\
PREDJ_R$2<-Thresholds & $0.71 \; (0.09)^{***}$ & $0.71 \; (0.09)^{***}$ & $0.70 \; (0.09)^{***}$ & $0.70 \; (0.09)^{***}$ & $0.70 \; (0.09)^{***}$ \\
LKRSP_R$1<-Thresholds & $0.14 \; (0.07)$ & $0.13 \; (0.07)$ & $0.15 \; (0.07)^{*}$ & $0.14 \; (0.07)$ & $0.14 \; (0.07)$ \\
LKRSP_R$2<-Thresholds & $0.72 \; (0.07)^{***}$ & $0.72 \; (0.07)^{***}$ & $0.73 \; (0.07)^{***}$ & $0.72 \; (0.07)^{***}$ & $0.72 \; (0.07)^{***}$ \\
TRTBD_R$1<-Thresholds & $0.51 \; (0.06)^{***}$ & $0.51 \; (0.06)^{***}$ & $0.50 \; (0.06)^{***}$ & $0.51 \; (0.06)^{***}$ & $0.50 \; (0.06)^{***}$ \\
TRTBD_R$2<-Thresholds & $1.11 \; (0.07)^{***}$ & $1.11 \; (0.07)^{***}$ & $1.12 \; (0.07)^{***}$ & $1.11 \; (0.07)^{***}$ & $1.11 \; (0.07)^{***}$ \\
PDJSEX_R$1<-Thresholds & $0.86 \; (0.06)^{***}$ & $0.86 \; (0.06)^{***}$ & $0.87 \; (0.06)^{***}$ & $0.86 \; (0.06)^{***}$ & $0.86 \; (0.06)^{***}$ \\
PDJSEX_R$2<-Thresholds & $1.44 \; (0.06)^{***}$ & $1.44 \; (0.06)^{***}$ & $1.44 \; (0.06)^{***}$ & $1.44 \; (0.06)^{***}$ & $1.44 \; (0.06)^{***}$ \\
PDJETN_R$1<-Thresholds & $0.80 \; (0.07)^{***}$ & $0.79 \; (0.07)^{***}$ & $0.80 \; (0.07)^{***}$ & $0.79 \; (0.07)^{***}$ & $0.80 \; (0.07)^{***}$ \\
PDJETN_R$2<-Thresholds & $1.29 \; (0.09)^{***}$ & $1.29 \; (0.09)^{***}$ & $1.29 \; (0.09)^{***}$ & $1.29 \; (0.09)^{***}$ & $1.29 \; (0.09)^{***}$ \\
DISCRIM$<$-$>$DISCRIM & $0.79 \; (0.02)^{***}$ & $0.74 \; (0.02)^{***}$ & $0.74 \; (0.02)^{***}$ & $0.75 \; (0.02)^{***}$ & $0.84 \; (0.01)^{***}$ \\
PDJSEX\_R$<$-DISCRIM & & $1.03 \; (0.01)^{***}$ & $1.03 \; (0.01)^{***}$ & & $0.98 \; (0.01)^{***}$ \\
PDJETN\_R$<$-DISCRIM & & $0.90 \; (0.01)^{***}$ & & $0.90 \; (0.01)^{***}$ & $0.87 \; (0.01)^{***}$ \\
LKRSP\_R$<$-AGEA & & & & & $-0.01 \; (0.00)^{***}$ \\
LKRSP\_R$<$-GNDR & & & & & $0.06 \; (0.02)^{***}$ \\
LKRSP\_R$<$-MINORITY & & & & & $0.14 \; (0.04)^{***}$ \\
TRTBD\_R$<$-AGEA & & & & & $-0.00 \; (0.00)^{**}$ \\
TRTBD\_R$<$-GNDR & & & & & $0.06 \; (0.02)^{**}$ \\
TRTBD\_R$<$-MINORITY & & & & & $0.20 \; (0.05)^{***}$ \\
LKRSP\_R$<$-$>$DISCRIM & & & & & $0.74 \; (0.02)^{***}$ \\
TRTBD\_R$<$-$>$DISCRIM & & & & & $0.72 \; (0.02)^{***}$ \\
TRTBD\_R$<$-$>$LKRSP\_R & & & & & $0.88 \; (0.01)^{***}$ \\
\hline
ChiSqM_Value & 331.41 & 808.73 & 776.77 & 568.88 & 648.83 \\
ChiSqM_DF & 10 & 17 & 14 & 14 & 10 \\
ChiSqM_PValue & 0.00 & 0.00 & 0.00 & 0.00 & 0.00 \\
CFI & 0.97 & 0.93 & 0.94 & 0.95 & 0.95 \\
RMSEA_Estimate & 0.02 & 0.03 & 0.03 & 0.03 & 0.03 \\
\hline
\multicolumn{6}{l}{\scriptsize{$^{***}p<0.001$, $^{**}p<0.01$, $^*p<0.05$}}
\end{tabular}
PS Вязание в HTML (не PDF) и использование htmlreg (не texreg), кажется, работает нормально. Я бы предпочел использовать PDF, хотя.
1 ответ
Решение
Вы пишете, что хотите создать PDF, но не используете LaTeX, Вы в этом уверены? Я не знаю, как это сделать, но вот два решения для генерации а) вывода HTML и б) PDF с LaTeX, оба с использованием texreg:
Решение 1 (для вывода HTML):
---
output: html_document
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
```{r, echo = FALSE, message = FALSE}
ctl <- c(4.17,5.58,5.18,6.11,4.50,4.61,5.17,4.53,5.33,5.14)
trt <- c(4.81,4.17,4.41,3.59,5.87,3.83,6.03,4.89,4.32,4.69)
group <- gl(2, 10, 20, labels = c("Ctl","Trt"))
weight <- c(ctl, trt)
lm.D9 <- lm(weight ~ group)
library("texreg")
```
Some equation:
$$a + b = 2$$
Table follows:
```{r, results = 'asis', echo = FALSE}
htmlreg(lm.D9, star.symbol = "\\*", doctype = FALSE, center = FALSE, caption = "")
```
Вот вывод:
Решение 2 (для вывода PDF):
---
output: pdf_document
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
```{r, echo = FALSE, message = FALSE}
ctl <- c(4.17,5.58,5.18,6.11,4.50,4.61,5.17,4.53,5.33,5.14)
trt <- c(4.81,4.17,4.41,3.59,5.87,3.83,6.03,4.89,4.32,4.69)
group <- gl(2, 10, 20, labels = c("Ctl","Trt"))
weight <- c(ctl, trt)
lm.D9 <- lm(weight ~ group)
library("texreg")
```
Some equation:
$$a + b = 2$$
Table follows:
```{r, results = 'asis', echo = FALSE}
texreg(lm.D9, table = FALSE, use.packages = FALSE)
```
Вот вывод: