Извлечение очень похожих белков из баз данных белков

Question

Как я могу получить из базы данных PDB очень сильно похожие структуры?

Скажем, 98% или выше последовательность аналогичных структур?

Answer 1

Если у вас есть определенный белок, который вас интересует, вы должны сначала создать модель гомологии для поиска в базе данных похожих белков. После этого вы можете применить более строгие критерии, чтобы получить очень похожие результаты. Проверьте швейцарскую модель, чтобы сделать это. http://swissmodel.expasy.org/

Answer 2

Вы можете выполнить поиск BLAST ( http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) для вашей последовательности, указав в качестве базы данных, которую вы ищете, Банк протеиновых данных.