Сделать значения NA в таблице просто пустыми ячейками при использовании cell_spec в kableExtra

Question

Исходя из предыдущего вопроса, я использую cell_spec Функция из kableExtra для изменения цвета фона ячеек в таблице. Как вы можете удалить текст NA и покрасить фон белым для ячеек NA, чтобы NA выглядел как пустая ячейка?

Ниже приведен пример таблицы с ячейками NA. В реальной жизни существует динамическое количество столбцов с различным количеством NA в каждом столбце.

---
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
library(kableExtra)
library(dplyr)
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

set.seed(2)
d <- data_frame(group = sample(LETTERS[1:5], 10, replace=TRUE), cat1=runif(10, 0, 100), cat2=runif(10, 0, 100))
d[3:5,2:3] <- NA

# Functions used to create color palette
max.val <- max(d[ , sapply(d, is.numeric)], na.rm=TRUE)
pal.fnc <- colorRamp(c("red", "yellow", "green"))

d <- d %>%
    mutate_if(is.numeric, function(x) {
  cell_spec(round(x,1), "latex", bold = F, color=grey(.3),
            background = rgb(pal.fnc(x/max.val) %>% replace(., is.na(.), 200), maxColorValue=255))
})   
```

```{r table, echo = FALSE}
kable(d,
      linesep = "",
      booktabs = T, 
      escape = F )
```

Answer 1

Вы можете контролировать Knitr options(knitr.kable.NA = '') для подавления NA, однако здесь это не работает, так как вы перезаписываете NA со значением как \\cellcolor[HTML]{C8C8C8}{\\textcolor[HTML]{4D4D4D}{NA}}",

Чтобы сделать options(knitr.kable.NA = '') линии работы, нам придется контролировать cell_spec Функция запускается только на значениях, отличных от NA, и не позволяет добавлять дополнительный HTML-код к значениям NA. Мы можем использовать case_when в dplyr, чтобы условно мутировать данные, так что NA остаются нетронутыми. Чтобы было легче читать, я создал функцию colourCell который затем используется в mutate_if Выписка перед созданием таблицы:

---
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
library(kableExtra)
library(dplyr)

options(knitr.kable.NA = '')

# Create Data
set.seed(2)
d <- data_frame(group = sample(LETTERS[1:5], 10, replace=TRUE), cat1=runif(10, 0, 100), cat2=runif(10, 0, 100))
d[3:5,2:3] <- NA

# Functions to format cell
max.val = max(d[ , sapply(d, is.numeric)], na.rm=TRUE)
pal.fnc <- colorRamp(c("red", "yellow", "green"))

colourCell <- function(x) {
  cell_spec(round(x,1), "latex",
            bold = F,
            color=grey(.3),
            background = rgb(pal.fnc(x/max.val) %>% 
                               replace(., is.na(.), 200), maxColorValue=255))
}
```

```{r table, echo = FALSE}
d %>%
  mutate_if(is.numeric, function(x) {
    case_when(!is.na(x) ~ colourCell(x))
})  %>%
  kable(
      linesep = "",
      booktabs = T, 
      escape = F)
```