Выполнение Java-программы (NCBO Extraction Tool) из командной строки Windows не работает... Руководство пользователя использует синтаксис Linux

Question

Я пытаюсь запустить программу командной строки Java из командной строки Windows, чтобы извлечь и сгенерировать файл онтологии из BioPortal (http://bioportal.bioontology.org). Кажется, что он не может найти класс, но, возможно, мой синтаксис параметра CLASSPATH неверен. Справочник по настройке (руководство пользователя NCBO и zip-файл инструмента извлечения NCBO) можно найти в нижней части моего вопроса. Инструкции основаны на синтаксисе Linux, но я запускаю это в Windows.

Команда Linux (из руководства пользователя):

java -classpath endorsed_lib/*:genlib/i2b2Common-core.jar:lib/commons/*:lib/log4j/*:lib/jdbc/*:lib/spring/*:* edu.harvard.i2b2.ncbo.extraction.NCBOOntologyExtractAll -ont {5 digit ontology id} -apikey {API key from http://bioportal.bioontology.org/account} -outputFileName {output file path}

Параметр Linux -classpath включает в себя следующее:

endorsed_lib/*
genlib/i2b2Common-core.jar or genlib/* (only 1 jar file)
lib/commons/*
lib/log4j/*
lib/jdbc/*
lib/spring/*
*

Команда Windows (это не работает):

java -cp ".\endorsed_lib;.\genlib;.\lib\commons;.\lib\jdbc;.\lib\log4j;.\lib\spring;." edu.harvard.i2b2.ncbo.extraction.NCBOOntologyExtractAll -ont 47178 -apikey 68775b88-c12f-472c-9192-71f9b282309c -outputFileName 47178_stagingFile.txt

Ошибка из командной строки Windows:

Error: Could not find or load main class edu.harvard.i2b2.ncbo.extraction.NCBOOntologyExtractAll

Параметр Windows -cp (CLASSPATH) включает следующие пути:

\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\;
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\genlib\;
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\;
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\;
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\log4j\;
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\spring\;
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\;

=================

Руководство:

https://community.i2b2.org/wiki/download/attachments/5670011/NCBO_Extraction_Users_Guide_1-1.pdf?version=2&modificationDate=1344357357000

Инструкции начинаются на странице 8 из 16. Я на странице 9.

В руководстве пользователя он ссылается на утилиту NCBO. Это можно скачать здесь:

https://www.i2b2.org/software/download.html?d=310

щелкните синюю гиперссылку с надписью "загрузка файла" или щелкните ссылку ниже (ссылка на 04.01.2013) >, затем нажмите "Я ПРИНИМАЮ"> сохранить файл (NCBOExtractionTools_1.1.zip) на локальный компьютер> извлечь файл zip

Вот список файлов, извлеченных из утилиты i2b2 NCBO, чтобы вы могли увидеть, какие jar-файлы у нас есть:

\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\ExtractionApplicationContext.xml
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\FileList.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\genlib
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\hierarchy.log
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\i2b2_license_2.1-1159.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\log4j.properties
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\NCBOExtraction_1.1.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\STAGING_FILES
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\jaxb-api.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\jaxb-LICENSE.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\stax-api-1.0.1.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\stax-api-LICENSE.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\wstx-asl-3.0.1.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\wstx-LICENSE.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\genlib\i2b2Common-core.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\log4j
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\spring
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\apache-2.0license.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-codec-1.3.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-collections-2.1.1.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-dbcp-1.2.2.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-exec-1.0.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-httpclient-3.0.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-logging-1.0.4.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-pool-1.3.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\ojdbc14.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\sqlserver2005
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\sqlserver_jTDS
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\sqlserver2005\sqljdbc.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\sqlserver2005\sqlserver_licence.rtf
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\sqlserver_jTDS\jtds-1.2.2.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\sqlserver_jTDS\LICENSE
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\log4j\log4j-1.2.8.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\log4j\log4j-LICENSE.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\spring\apachelicence-2.0.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\spring\spring-2.0.jar

Answer 1

Это сработало на @ комментарий Брайана:

java -cp ".\endorsed_lib\*;.\genlib\*;.\lib\commons\*;.\lib\jdbc\*;.\lib\log4j\*;.\lib\spring\*;.\*" edu.harvard.i2b2.ncbo.extraction.NCBOOntologyExtractAll -ont 47178 -apikey {key} -outputFileName 47178_stagingFile.txt