Метод представления / рисования по умолчанию в VMD

Question

В VMD я хочу загрузить каждый новый файл методом рисования CPK. Похоже, что это не вариант в файле.vmdrc по некоторым техническим причинам.

Как я могу сделать это из командной строки VMD (чтобы я мог сделать сценарий)? Или есть какое-то другое решение / обходной путь / хак, чтобы сделать эту работу?

Answer 1

Есть несколько способов достичь того, что вы хотите:

(1) поместите следующую строку в правильное местоположение вашего.vmdrc

    mol default style CPK

(2) с помощью панели настроек VMD (последний пункт в меню "Расширения" главного окна) сгенерируйте файл.vmdrc, который соответствует вашим ожиданиям. Настройка, которую вы ищете, находится на вкладке Представления.

(3) для более расширенных настроек (то есть настроек по умолчанию, применяемых к молекулам, уже загруженным, когда vmd прочитал файл запуска.vmdrc), вы можете использовать следующее (работает для меня на VMD 1.9.2):

proc reset_viz {molid} {
  # operate only on existing molecules
  if {[lsearch [molinfo list] $molid] >= 0} {
    # delete all representations
    set numrep [molinfo $molid get numreps]
    for {set i 0} {$i < $numrep} {incr i} {
      mol delrep $i $molid
    }
    # add new representations
    mol representation CPK
    # add other representation stuff you want here
    mol addrep $molid
  } 
}

proc reset_viz_proxy {args} {
  foreach {fname molid rw} $args {}
  eval "after idle {reset_viz $molid}"
}

## put a trace on vmd_initialize_structure
trace variable vmd_initialize_structure w reset_viz_proxy

after idle {
  if { 1 } {
    foreach molid [molinfo list] {
      reset_viz $molid
    }
  }
}

Этот кусок кода адаптирован с сайта Axel Kohlmeyer.

НТН,

Answer 2

Я нашел удобное решение. В .bashrc добавлять:

vmda () {
    echo -e "
    mol default style CPK
    user add key Control-w quit
    " > /tmp/vmdstartup
    echo "mol new $1" > /tmp/vmdcommand
    vmd -e /tmp/vmdcommand -startup /tmp/vmdstartup
}

Посмотрите на структуру с

vmda file.pdb

и закройте окно (выйдите из приложения) с помощью Ctrl+w, как и другие окна.