Как сохранить серию изображений 4D в один файл DICOM с помощью ITKTools?

Question

У меня есть пара 3D-КТ-сканирований, которые я хотел бы зарегистрировать, используя метод групповой регистрации Metz et al (2010), реализованный в наборе инструментов регистрации elastix ( http://elastix.bigr.nl/wiki/index.php/Par0012)., Инструмент требует, чтобы данные 4D (несколько трехмерных изображений) были инкапсулированы в один файл. Я знаю, что этого можно добиться с помощью инструмента "pxcastconvert" из набора инструментов ITKTools (из-за "castconvert4d.cxx" в github https://github.com/ITKTools/ITKTools/blob/master/src/castconvert/castconvert4D.cxx) но я не могу понять правильные аргументы командной строки. Использование это:

<< "pxcastconvert\n"
<< "  -in      inputfilename\n"
<< "  -out     outputfilename\n"
<< "  [-opct]  outputPixelComponentType, default equal to input\n"
<< "  [-z]     compression flag; if provided, the output image is compressed\n"
<< "OR pxcastconvert\n"
<< "  -in      dicomDirectory\n"
<< "  -out     outputfilename\n"
<< "  [-opct]  outputPixelComponentType, default equal to input\n"
<< "  [-s]     seriesUID, default the first UID found\n"
<< "  [-r]     add restrictions to generate a unique seriesUID\n"
<< "           e.g. \"0020|0012\" to add a check for acquisition number.\n"
<< "  [-z]     compression flag; if provided, the output image is compressed\n\n"

Если возможно, не могли бы вы посоветовать мне, как объединить несколько трехмерных изображений в один файл DICOM или MHD с помощью pxcastconvert?

Answer 1

Я бы порекомендовал использовать MeVisLab. С помощью модуля DicomImport вы можете преобразовать фрагменты DICOM в четырехмерный том, который впоследствии можно открыть с помощью модуля ImageLoad и сохранить в формате ITK с помощью модуля itkImageFileWriter. Существует бесплатная версия MeVisLab, которой должно быть достаточно для выполнения подобных задач.

Answer 2

Вы уверены, что упомянутая вами программа сработает? Потому что, похоже, есть функция cast и convert, а не compose.

Я не знаю, есть ли какая-либо программа, способная сделать это, но вы можете взглянуть на http://www.itk.org/Wiki/ITK/Examples/VectorImages/ImageToVectorImageFilter. Легко изменить 2-й скалярный вход на 3D а также выходной вектор.