ggplot2 и ggdendro - построение цветных полос под листьями узла

Question

В настоящее время я использую ggplot2 а также ggdendro построить дендрограммы. Однако теперь мне нужно построить дискретную переменную под листьями вместе с метками.

Например, в публикации (Zhang et al., 2006) я увидел такую ​​дендрограмму (обратите внимание на цветную полосу под ярлыками листьев):

Я заинтересован в том, чтобы сделать то же самое с ggdendro + ggplot2, используя данные, которые я уже обработал. Это возможно?

Answer 1

Во-первых, вам нужно сделать dataframe для цветной панели. Например я использовал данные USArrests - сделал кластеризацию с hclust() функционировать и сохранить объект. Затем с помощью этого объекта кластеризации разделить его на кластер с помощью функции cutree() и сохраняется как кластер столбцов. колонка states содержит метки кластеризованного объекта hc и уровни этого объекта упорядочены так же, как на выходе hc,

library(ggdendro)
library(ggplot2)
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
df2<-data.frame(cluster=cutree(hc,6),states=factor(hc$labels,levels=hc$labels[hc$order]))
head(df2)
           cluster     states
Alabama          1    Alabama
Alaska           1     Alaska
Arizona          1    Arizona
Arkansas         2   Arkansas
California       1 California
Colorado         2   Colorado

Теперь сохраните как объекты два графика - дендрограмму и цветную полосу, которая сделана с geom_tile() с помощью states как значения х и cluster номер для цветов. Форматирование сделано, чтобы удалить все оси.

p1<-ggdendrogram(hc, rotate=FALSE)


p2<-ggplot(df2,aes(states,y=1,fill=factor(cluster)))+geom_tile()+
  scale_y_continuous(expand=c(0,0))+
  theme(axis.title=element_blank(),
        axis.ticks=element_blank(),
        axis.text=element_blank(),
        legend.position="none")

Теперь вы можете использовать ответ @Baptiste на этот вопрос, чтобы выровнять оба графика.

library(gridExtra)

gp1<-ggplotGrob(p1)
gp2<-ggplotGrob(p2)  

maxWidth = grid::unit.pmax(gp1$widths[2:5], gp2$widths[2:5])
gp1$widths[2:5] <- as.list(maxWidth)
gp2$widths[2:5] <- as.list(maxWidth)

grid.arrange(gp1, gp2, ncol=1,heights=c(4/5,1/5))